啤酒發酵工業中汙染的乳酸菌，大多是兼性好氧或厭氧的細菌，在有氧和無氧條件下均能生長，且適合在酸性環境下生長,其中，啤酒腐敗的乳酸菌，基本屬於乳酸異型發酵，產生不協調的氣味、生物性混濁和沉澱，它們對啤酒危害很大。造成啤酒汙染的乳酸菌目前發現的就有十多種，大多是乳桿菌和片球菌屬，還有少數微球菌屬。植物乳桿菌（lactobacillus spp）和片球菌（pediococcus spp）是最常見的啤酒汙染乳酸菌。
一、乳酸菌對發酵液ph 變化的影響
發酵液中由於存在乳酸菌，所以發酵液酸度會增加。當乳酸菌所造成的發酵液的酸度，雖然在適宜的範圍內會促進發酵過程的進行；但是當菌濃度增殖到 10 4 個/ml 時，就對啤酒發酵工業產生不利影響，當菌濃度達到10 8 個/ml 時，發酵液酸度變化較快，ph 值明顯降低。這主要是因為乳酸菌產生乙酸、乳酸，汙染率越高，產酸量越大，因而總酸值高，ph 值低。
二、 乳酸菌對酵母菌增殖和代謝的影響
實驗證實，發酵液中過多的汙染乳酸菌，會使酵母菌的增殖和代謝受到抑制，這是因為乳酸菌與酵母菌同時繁殖，大量耗糖，從而使降糖加快，汙染乳酸菌會與酵母菌進行營養競爭，造成了發酵過程中糖分解利用的浪費。並且乳酸菌生長所需營養繁多，汙染乳酸菌的大量繁殖使得麥汁中缺乏足夠的氨基酸，酵母合成細胞的速度減慢，酵母菌的數目減少，影響了啤酒發酵的正常進行。
三、 乳酸菌對啤酒主要風味物質的影響
在啤酒酵母的作用下，其主要代謝產物是酒精和二氧化碳，此外還有一系列的發酵副產物，如戊醇、異戊醇、異丁醇及其酯類。啤酒中生成的雜醇油含量一般不會過高，否則會使啤酒口味變差，甚至引起頭痛。雙乙醯則具有啤酒中最不受歡迎的黃油香氣和口味，它是由某些酵母生成的，釀造時，應防止雙乙醯的累積量超標。
通過大量生產與試驗驗證，汙染乳酸菌後，酒液中的風味物質組成發生較大變化，其中正丙醇、丁酸乙酯的生成量減少，而雙乙醯、乙醛、異丁醇的生成量公升高。通常酵母菌只產生需要量的α－酮酸作為合成氨基酸的前體物質，α－酮酸的合成受到細胞合成的反饋抑制，即合成作用旺盛時，α－酮酸不積累。但當汙染乳酸菌時，由於乳酸菌生長所需營養複雜，所需氨基酸達11 種，因此，乳酸菌的大量生長使得麥汁中缺乏足夠的氨基酸，酵母合成細胞的速度減慢，對 α－酮酸的反饋抑制建立不起來，產生多量的酮酸無法轉化成氨基酸，酵母又無法承受高酮酸量的積累，α－酮酸則轉化成高階醇，因此，汙染乳酸菌後，酒體中異丁醇、異戊醇增多，汙染菌為10 8 個/ml 時，高階醇明顯增多;而α－酮酸的大量合成需要通過葡萄糖轉化為丙酮酸，再由丙酮酸轉變得到，因此，轉化為正丙醇的丙酮酸相對減弱，所以，汙染乳酸菌後，正丙醇含量降低。
在發酵過程中，酯的產生主要依賴於酵母菌的生物合成，汙染乳酸菌的酒體中乳酸菌與酵母菌競爭營養，使得酵母的增殖數量減少，活力低，合成酯量減少，並且在酸形成酯的規律中，酸與酸之間存在競爭性抑制作用，乳酸菌的異型發酵可產生乙酸，產生競爭性抑制，減少了丁醯輔酶a 的量，從而使得丁酸乙酯含量降低。這樣，勢必造成啤酒的酯醇比失去協調性。
汙染乳酸菌大多進行異型發酵，主產物為乙醇、co2 和乳酸，還可以生成乙酸、丙酸、丁酸和己酸等特異性有機酸。汙染乳酸菌後，酒體中總酸、乙醇含量必然增加;在酵母和乳酸菌代謝中均含有乙醛轉化為乙醇的途徑，由於二者的總菌量增加，從而使染菌後的酒體中乙醛含量增加。 又進一步危害了啤酒的純淨性和成熟度。
四、乳酸菌與啤酒中的生物胺
在活細胞中，生物胺具有重要的生理功能，但當人體吸收過量時，可能會引起頭痛、呼吸紊亂、心悸、血壓變化等過敏性反應。啤酒中含有十多種生物胺，原料大麥、酒花等在植物生長階段形成生物胺，但通常含量不高。啤酒酵母不能代謝生物胺。
現場生產中，乳酸菌可以通過冷卻麥汁、空氣、發酵罐及閥門等容器、酵母泥、各種新增劑、包裝容器和瓶蓋等途徑進人到啤酒中，可謂無孔不入，所以，從消除乳酸菌類微生物對啤酒的危害出發，發酵工序「三分工藝，七分衛生」的說法是非常必要和正確的，花費大力氣控制無菌率，也正是我們發酵工作的挑戰性和崗位設定的重要意義所在。
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