由於分公司沒有法人地位，不可以對我簽訂民事建築合同，因此，實踐中的總分公司之間的所有工程專案建設，都是以總公司的名義進行招投標的，建設方或甲方只認總公司而不認分公司，即在工程結算時，建設方或甲方只與總公司結算而不跟分公司結算。在總分公司體制下的工程專案如何進行核算，在實踐中因分公司是否財務獨立核算而不同。現分述如下：
(一)分公司財務獨立核算下的工程專案會計核算
所謂分公司財務獨立核算是指，工程專案的收入和成本都在分公司核算，分公司以分公司的名義建立會計賬本進行成本和收入的核算，而不獨立核算是指分公司以總公司的名義建立會計賬本進行成本和收入的核算。分公司財務獨立核算下的工程專案會計核算應按照以下辦法處理：
分公司以工程專案的存續為生命週期，在賬務上，與總公司的款項往來屬於「內部往來」，分公司對專案的核算制度要求與總公司保持一致，每個會計期末，總公司需要將其納入編制彙總財務報表。
案例分析：甲路橋工程****系一家具有特級施工資質的總公司，於2023年1月與客戶簽訂了一項總額為5000萬元的公路施工承包合同，該工程全部由其分公司乙公司承建，該施工3月份已全面開工，計畫在2023年9月完工，預計該工程的總成本為4500萬元，2月份根據合同預收工程款300萬元已如期到總公司的賬，假設至2023年末工程實際發生成本2700萬元，全部由總公司支付給其分公司乙的賬上，總公司與建設方已結算工程價款1800萬元，假設採用完工百分比法進行核算，該公司工程專案的會計核算處理如下：
1、總公司甲的會計核算
(1)收到預收工程款時的賬務處理：
借：銀行存款300萬
貸：預收賬款300萬
(2)繳納預收賬款的營業稅時：
借：應交稅費——營業稅9萬
貸：銀行存款(或現金)9萬
(3)登記發生成本時：
借：內部往來——分公司乙(合同成本)2700萬
貸：銀行存款2700萬
同時，借：工程施工——合同成本2700萬
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