一是土地承包經營權人的權利、義務不夠明確。《物權法》中對土地承包經營權人的權利做了一些框架規定，但對土地承包經營權人的義務沒有做出明確的規定。
二是流轉問題。根據《物權法》規定，當土地所有權和承包經營權發生衝突時，應優先保護承包農民的權利，其中又對承包人享有的處分權作了限制性規定，即「土地承包經營權人將土地承包經營權互換、轉讓，當事人要求登記的，應當向縣級以上地方人民**申請土地承包經營權變更登記；未經登記，不得對抗善意第三人。」這方面存在諸多爭議。
有專家認為，目前根據我國現狀這一規定尚可，但從長遠來看登記制度必須不斷完善，應當逐漸採取「登記才能生效」的制度。雲南大學法學院副教授李建明則認為，目前的農村土地集體所有權實際上相對弱勢，因為其「集體」的概念在流轉時未能真正落實，**都是先收回土地再出讓。此外，在限制性規定方面，《物權法》明確「土地承包經營權人依照農村土地承包法的規定」，有權採取轉包等方式流轉。
專家認為，我國土地承包法中明確「採取轉讓方式流轉的，應當報發包方同意」，其他應經發包方備案，這造成了土地承包經營權物權化不徹底的傾向，也為發包人侵害承包人的利益埋下隱患。
三是土地徵收方面的問題。農村土地徵收是土地所有權在國家和集體之間發生變動。土地徵收補償是徵地問題的核心，而補償範圍又是首先要確定的問題。
從法理上來講，集體經濟組織是農村土地的所有權主體，應該對集體經濟組織進行合理補償。但農村土地承包經營權是一種用益物權，其可以依據法律規定進行流轉，具有交換價值，在集體土地所有權被徵收由國家取得土地所有權時，土地承包經營權亦歸於消滅，因而其應被納入土地徵收的補償範圍。《物權法》規定：
「承包土地被徵收的，土地承包經營權人有權依照本法第四十二條第二款的規定獲得相應補償。」《物權法》還規定：「徵收集體所有的土地，應當依法足額支付土地補償費、安置補助費、地上附作物和青苗的補償費等費用，安排被徵地農民的社會保障費用，保障被徵地農民的生活，維護被徵地農民的合法權益。
」該兩條規定雖然將土地承包經營權納入土地徵收的補償範圍，但卻沒有將土地承包經營權人作為被徵收的主體對待，沒有賦予其協商權和申訴權。而且沒有明確補償的標準是什麼，規定過於抽象和具體。專家認為，應明確土地承包經營權為徵收的客體，賦予土地承包經營權人在土地徵收中作為一方當事人的地位。
作為被徵地的一方當事人，土地承包經營權人理應有權參與「徵地的補償標準、安置辦法」的確定，如此將更有利於其合法權益的保護。
土地承包經營權轉讓協議
甲方 乙方 甲方 乙方 根據 合同法 農村土地承包經營法 土地管理法 等法律法規，甲乙雙方經友好協商，達成如下協議 一 轉包土地 甲方與孟家莊村委會簽訂承包合同承包土地一宗，承包期限年 詳見承包合同 該宗土地位於青島市黃島區珠山街道辦事處孟家莊村 東至 西至 南至 北至 面積 地面植被有 地面附著物...
我國農村土地承包經營權登記的物權效力問題初探
摘要 隨著農村土地價值的上公升，農村土地流轉的加快以及國家徵地拆遷的增加，因農村土地承包經營權而產生的糾紛，更是呈現出上公升趨勢。而糾紛爭議的焦點往往集中在土地承包經營權登記方面，當前我國對農村承包經營權登記的性質與效力的認識還存在分歧。關鍵詞 土地 承包 經營權 隨著農村土地價值的上公升以及國家徵...
土地承包經營權流轉 轉租 合同
甲方身份證號 流轉土地方位 經甲乙雙方協商，討論同意，甲方將自家承包地，共計畝 該土地東西寬公尺，南北長公尺 四至 東至西至南至北至轉租給乙方使用。一 流轉土地期限 自年月日起至年月日止。二 轉租 及支付方式 經協商 共計人民幣元整，小寫元，簽字時一次性付清全款。三 上述 包含全部地上物轉讓款，全部...