問題3：過分強調垂直管理模式，缺乏水平方向的全流程管理。
直線職能製作為最基礎的組織管理模式，，在事業部制、空股制、矩陣制、等各種組織模式中都有他的影子。它強調組織內部的活動應採取逐級上報並接受上級指揮的管理方式。在這種管理模式中，由於人們只對自己的上級負責，缺少部門之間橫向關聯，難以與外部客戶建立聯絡。
過細的組織分工、過多的組織等級、過少的相互協作，將使得匯報與決策線必須經過漫長的企業垂直管理線路，在下級、上級直至公司最高層之間漫遊。
2.國有企業流程管理存在的問題
問題1：企業目標與計畫導向過強，沒有建立市場導向機制，忽略客戶需求。
我國的許多國有企業深受計畫經濟體制的影響，企業內部各部門按照相關職能進行劃分，各個部門在配置正職領導的同時，往往還配置了多個副職領導，，將原本不大的部門職能進一步細分。企業內部的各個部門就像「鐵路警察，各管一段」，只關注各自孤立的活動，並以達到上級領導的要求為準。
在國有企業，上級領導掌握著員工的地位、薪酬和個人前途發展，每位員工取悅的都是自己的上司。員工可以忽略客戶，卻不敢怠慢領導，領導交辦的事情當作頭等大事，進行優先執行。無人正真關心顧客的需求和服務，「顧客就是上帝」往往是銷售人員的信條，與其他人員的工作並沒有關係，並且也常常停留在口頭上而沒有落實到實際執行過程中。
整個企業相對還是比較缺乏以市場為導向的管理經營機制。
問題2：條塊分割嚴重，市場響應速度較慢。
許多國有企業普遍存在組織機構臃腫、官僚作風嚴重的現象。為了將企業內部的各部門、各環節有效銜接，需要大量的管理人員進行溝通、協調、處理和控制。部門之間加大了溝通成本，降低了資訊傳遞速度，延長了企業反應時間，增加了企業的運作環節。
由於企業內部的多個資訊未能充分共享，客戶在於企業打交道時，往往需要同時與多個部門、多個環節、多個業務流程接觸，降低了客戶對企業的滿意度。
問題3：制度繁多，文牘主義嚴重，與企業實際經營存在差距。
國有企業的制度建設比較健全。為了加強內部管理和控制，企業建立了大量的審批程式，希望能夠以公文和制度的方式來規範企業經營運作，但由於往往制度定製過於繁雜，長時間沒有進行梳理、制度缺失，甚至制度相互矛盾等等，員工往往在執行時搞不清楚到底按照哪個制度去執行和遵守。同時，制度在執行過程中，員工可能僅僅只關心自身的管理許可權與職責，對整個流程的運作並不清楚和了解，不利於企業整體管理目標的實現。
3.民營企業流程管理存在的問題
問題1：老闆「一言堂」，企業運作缺乏規範性和穩定性。
民營企業由於企業經營權與所有權重疊在一起，許多老闆在企業內部擁有不可置疑的權利。企業內部的經營活動不是靠機制、系統去維護和開展，而是通過老闆個人的想法、看法、命令去運作和指揮。雖然這種經營機制相對比較靈活，能快速適應市場變化，但缺乏穩定性和永續性，將會帶來許多管理上的問題。
當企業發揮到一定的階段，隨著業務的擴大和增加，不斷新增的部門將會延長企業內部的管理線路，又是命令就會「鞭長莫及」，尤其是對於跨地域經營運作；同時，由企業一把手進行全面業務管理的局面難以為繼。然而由於缺乏組織的準備，沒有系統地對人員進行培養，沒有明確流程、建立制度，領導者必將長期事必躬親，其他員工難以分擔其工作職責，嚴重影響企業的發展後勁。換句話說，企業成長與發展的動力僅僅是建立在企業經營者個人的身上，沒有通過流程與制度的固化，轉化成為組織的內在能力，將難以支撐企業的長遠發展。
問題2：過於關注細節上的控制，缺乏整體觀念，導致整體流程運作效率低下。
許多民營企業家是從基層一步乙個腳印做起，在企業發展到較大規模後，仍然保持著原有的做事習慣，用許多時間進行細節事務的處理，一不放心二不習慣。領導人過多的精力花費在日常工作中，沒有將一些基本的日常事務交給規範的工作流程進行處理，過度適當的授權機制讓職業經理人負責企業的日常經營，結果導致自身的寶貴精力被過度消耗，下屬也難以有機會得到培養和發展。
問題3：管理機制不健全，沒有嚴格按照程式化執行運作。
許多民營企業也希望通過引進外部的先進管理辦法、制度和經驗，促進自身管理水品的提公升，但卻沒有達到預期的目的。導致這種現象產生的原因在於沒有對企業管理系統進行系統化、整體式、全方位的思考和探索，而仍然採取「頭痛醫頭、腳痛醫腳」的打補丁式管理方式，使得企業經營機制建設散落於企業的各個部門之間，成為各個部門零散的管理制度，沒有用機制去有效地串起來，形成企業的聯動效應。
管理手段程式化執行是指經過定義的工作流（主要是管理規章制度）按照事先確定的遊戲規則進行有效執行。這取決於參與流程的人的素質和管理的力度，也就是說，再好的流程，也需人的自覺性發揮去執行，才能產生應有的效應。管理手段程式化運作，在很大程度上取決於企業領導人的表率作用，如果沒有企業領導人自身的主動遵守和執行，生產不了良好的示範效應，再好的流程也很難真正落實貫徹下去。
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