高等學校基本建設管理是一門綜合性科學，它橫跨經濟科學、技術科學、管理科學等領域。高校基本建設的特點決定了基建財務管理不同於一般企事業單位、行政單位的財務管理，它是應用於高校基本建設經濟過程中具體執行高校基本建設任務的專業財務，是高校基本建設管理的乙個重要組成部分，它在高校基本建設管理體系中具有相當重要的地位和作用。充分發揮財務管理的職能，提高基建投資效益，是基建財務「義不容辭」的責任。
一、高校基建財務工作面臨的問題
（一）新舊體制改革給傳統的基建財務工作帶來挑戰。傳統的基建財務工作是以沿襲幾十年的記賬、報賬工作為主，在原來的基本建設管理體制中，這種方法也有過其發展和較切合實際的歷史。如原來計畫經濟下的基本建設管理體制，建設單位按計畫供料，施工單位按計畫施工的管理體制，基建財務與材料，計畫等部門的有效配合，確實起到了有效的財務檢查和財務監督作用。
但隨著基本建設管理體制的改革，招投標體制的推廣和完善，基建財務只能是被動地，簡單地接受計畫和撥付大筆的工程款項，不能切實、有效地起到財務的檢查和財務監督作用。基建財務如何適應加強基本建設專案的核算，如何認真調查分析、正確**，積極協助和參與，做好專案的全過程管理，在實際過程中，又如何有效運用財務手段，嚴格控制支出標準和支出專案，加強專案的成本管理，等等，都對傳統的以記賬、報賬為主的基建財務提出了挑戰。
（二）財會制度的缺陷，客觀造成了基建財務管理的不規範。2023年開始實施的事業單位財會制度客觀造成了基建財務管理制度與會計核算體系的相對獨立。表現在：
1、新會計制度中報表體系、會計科目的設定無法準確、及時、完整地反映單位基本建設的基本情況。一方面會計報表中的「資產負債表」、「收支情況表」和有關附表未能包括基本建設專案支出內容，實施中的基本建設財務狀況不能得到及時、準確的核算和反映；另一方面新會計制度中，會計科目和一般預算科目中「目」級和「節」級科目設定不完整，無法完整反映基建收支情況。2、基本建設財務收支會計核算不規範。
當前，學校基本建設會計核算，多數執行事業單位會計制度，與正常經費收支一起核算，由於事業單位會計制度無「在建工程」科目，基建支出列支渠道不統一。為歸集基本建設所發生的費用，有的自行增設「在建工程」科目，有的通過「暫付款」或「其他應收款」科目，還有的通過「事業支出」科目。有少數單位按《國有建設單位會計制度》單獨建賬核算，但行業會計制度之間，在適用會計科目上缺乏銜接。
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