反硝化作用即反硝化細菌在缺氧條件下，還原硝酸鹽，釋放出分子態氮（n2）或一氧化二氮（n2o）的過程，即脫氮作用。能夠進行反硝化作用的只有少數細菌。
二、微生物在磷迴圈中的作用
大氣中沒有磷素的氣態化合物，因此磷是一種典型的沉積迴圈，主要在土壤、植物和微生物之間進行。土壤微生物既參加了無機磷化合物的溶解作用和有機磷化物的礦化作用，也參加了可給性磷的固持作用。在作物生長的季節裡，雖然土壤微生物的生物量比植物的生物量少很多，但微生物的含磷量卻比植物高10倍以上；而且在一季的時間內，微生物能繁殖很多代，結果是被微生物吸收的磷往往超過了高等植物吸收的量。
但微生物固持磷的時間不長，微生物細胞死亡後不久磷又會釋放出來。這對植物是有利的。短期的生物固持作用可使土壤磷免遭土壤礦物的長期固定。
在自然界中，磷的迴圈包括可溶性無機磷的同化、有機磷的礦化、不溶性磷的溶解等。
微生物分解含磷化合物的作用，基本上分為有機磷化合物的分解和無機磷化合物的分解兩個方面。前者主要是微生物產生的各種酶參與的結果。有機磷化合物在土壤這個複合體中變化十分複雜，往往形成一些極難分解的產物。
這些複雜的物質只有在微生物的相應酶的作用下才能分解。
微生物促進磷有效化的另一重要方面，是對土壤中無機磷的溶解作用。微生物產生的酸，一類是無機酸，如碳酸、no3- 、 so42- 。另一類是有機酸，微生物產生的有機酸大多種類都具有溶磷作用。
可以認為微生物在代謝過程中通過呼吸作用分解醣類等碳源，可以產生多種有機酸。這些有機酸在土壤中對無機磷化合物的溶解起著重要作用。
三、微生物在鉀迴圈中的作用
土壤裡主要含鉀礦物有長石和雲母等矽酸鹽。其中的鉀約佔土壤總鉀量的98%，該類鉀難溶於水，只能在風化後才釋放出一些有效鉀。
有一些微生物能分解長石和雲母等矽酸鹽類礦物產生有效鉀，該類微生物稱為鉀細菌或矽酸鹽細菌。該類微生物解鉀的途徑可能有兩個：①鉀細菌接觸礦石後產生特殊的酶，破壞礦石結晶結構，釋放出其中的養分②鉀細菌在礦石表面接觸後進行交換作用，釋放出其中的養分。
四、微生物在硫迴圈中的作用
硫是生物體合成蛋白質以及某些維生素和輔酶等的必需元素。硫素不足，影響氮的同化，從而影響蛋白質的含量和作物產量。
硫迴圈兼有氣態迴圈和沉積迴圈的特點，迴圈中的許多步驟都有專一性微生物參與。進入土壤的動植物殘體中含硫的有機質主要是蛋白質，其次是一些含硫的揮發性物質。土壤中能分解含硫有機物質的微生物種類很多，一般能引起含氮有機化合物的氨化微生物，都能分解含硫有機物產生硫化氫。
含硫有機物在分解不徹底時，形成硫醇暫時積累，但在進一步氧化中，仍以硫化氫為最後產物。微生物分解的含硫有機化合物產生硫化氫，雖不能直接有利於植物的營養，而且在土壤中積累較多時，還對植物的根部有毒害作用，但含硫有機化合物的無機質化是硫素物質迴圈中的乙個環節，在生成硫化氫後，在微生物的作用下進行進一步氧化，形成硫酸，則可為植物提供硫素養料。
五、微生物在鐵轉化中的作用
鐵素主要存在於礦物中。土壤中的鐵主要是難溶的**鐵（fe3+），它必須還原為低價（fe2+）植物才能吸收。鐵素的迴圈作用包括氧化還原反應、溶解作用和沉積作用。
許多微生物可以用fe3+做電子受體。當有h2s存在時，**鐵可經化學還原為fes。所以，在自然界中鐵和硫的迴圈之間關係密切。
一些真菌和許多化能無機營養與有機營養細菌均能用fe3+做電子受體進行能量代謝。
許多微生物產生一類稱為鐵載體的特異鐵結合物，能螯合鐵並輸入細胞內部，當它進入細胞後，鐵被釋放出來，鐵載體可再進行鐵的運轉，這是植物吸收鐵素的一種機制。
能夠產生鐵載體的細菌在土壤中具有競爭鐵素的優勢。一些假單胞菌產生黃綠色螢光鐵載體，稱為假菌素，可以同鐵緊密結合，阻止其他生物的利用。於是使植物的某些病原菌處於缺鐵狀態，這對植物是有利的。
六、微生物在錳轉化中的作用
錳在土壤中以二價和四價狀態存在，還原態的二價錳為可溶性，能被植物吸收利用；氧化態的四價錳不溶解。土壤中錳的轉化決定於微生物、土壤酸度、氧和有機質含量。許多微生物能氧化錳，在缺氧及酸性條件下常有利於錳的還原；在鹼性條件下有利於錳的氧化。
所以植物缺錳常與土壤反應有關。
《土壤裡的微生物》教學設計
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