隨著國有企業公司制度的改革和現代企業制度的建立，國有企業在薪酬管理方面也制定了一系列的改革措施，到目前為止第一輪的國企薪酬改革已經基本完成。但改革過程當中仍有一些問題沒有完全解決，影響著國企的整體管理效能。歸納起來常見的國有企業薪酬管理問題主要以下有六個方面：
一、 薪酬管理理念滯後
合理的薪酬體系應當以企業戰略為引導，實現市場化和現代化，適度前瞻並且符合企業發展階段，實施動態調整。但目前半數國有企業缺乏薪酬管理和企業戰略相結合的薪酬管理理念，導致薪酬管理缺乏戰略性，薪酬制度缺乏動態性。
領先、跟隨、滯後的薪酬戰略應該與企業的不同階段和不同型別緊密相連，很多企業並不知道在不同發展階段需要運用不同的薪酬戰略，薪酬方案必須緊跟戰略方案，不能只依據現在的發展情況，還要著眼於未來，採用動態的薪酬制度。另外由於對薪酬理念的認識不足，大多數國有企業不知道應該對何種價值付酬。通常的做法是按照行政級別、學歷和在企業的工作年限來進行價值分配，而對職位所承擔的責任和風險、員工的技能水平、員工的能力等產生績效的關鍵因素，沒有引起應有的重視。
二、 薪酬總額難以突破
國有企業事業單位的工資總額受到硬性條件的約束，難以突破。目前國有企業工作總額調控的主要方法依然是功效掛鉤，單純以企業利潤定製薪酬的簡單工資決定模式沒有系統考慮行業投入產出水平等綜合因素，往往會造成國企年度工資總額的「總盤子」過低，無法實現與市場水平掛鉤。
三、 薪酬水平相對偏低
目前，大多數國有企業採取的仍然是相對封閉的薪酬管理方法，按照自己的節奏調薪，按照自己的資源確定薪酬水平，導致企業的薪酬水平與社會平均水平失衡，有的企業遠高於同行業薪酬水平卻還在不斷調高，而有的企業與同行業的差距已經很大卻還在不緊不慢地「微調」，導致人員嚴重流失。
社會平均薪酬水平，代表了勞動力市場的供求平衡點，企業可以根據自己的實際確定薪酬策略，在平衡點附近移動;但過於巨大的偏離，或者說明了勞動力成本的浪費，或者說明了企業對勞動者價值的過分低估，而這樣的情況在我們的國有企業卻非常普遍，年年增長、只增不減的薪酬體系使得這一矛盾日益加劇。
四、 薪酬分配流於形式
一方面，很多國企現有的薪酬結構考慮了級別、年功、職稱、學歷、績效等多種因素，看似很科學，但是薪酬的分配主要是以行政級別為主的，基本工資、福利都跟級別掛鉤， 而績效工資佔薪酬的比例很低，幾乎已淪為固定工資，完全不能起到績效考核的目的。
另一方面，為體現國企內部團結，避免內部矛盾，大部分國企仍然採取較小的層級差距，這種差距體現在固定工資，也體現在績效獎金的分配上。在薪酬的調整上也是採用「齊步走」的方式，這種「平均主義」薪酬分配方式顯然不能體現出崗位價值的差別。目前這種現象在中層和基層之間尤為明顯。
五、 薪酬結構設計失衡
大部分國企固有的薪酬、福利科目繁雜，有的企業薪酬、福利科目加起來有40多種，這種薪酬結構在市場化競爭中是極其不合理的。
首先是顯性工資低，年終獎所佔比重大，沒有將**工資轉化為現行工資，在市場招聘中劣勢越來越明顯，難以吸引優秀的人才;其次是固定工資比重過低，對於基本生活沒有太多保障，而績效工資又大多依靠領導的主觀印象，不能體現多勞多得。國有企業中同工不同酬的現象也很嚴重，不同身份不同的工資體系，在同樣的部門和崗位、承擔同樣的工作任務、做出同樣的貢獻，編外人員薪酬仍然低於編內人員。隨著新《勞動合同法》的出台，如果不給所有員工公平發展的通道與統一的薪酬標準，這種不合理的局面無論從生產力的角度還是合法性的角度都將面臨嚴峻的挑戰。
六、 薪酬激勵體系失效
國有企業薪酬激勵體系失效主要體現在三個方面：激勵不及時，獎金主要以年終獎的形式為主，月度績效獎金比例小幾乎體現不出差距，激勵不及時挫傷了員工的工作積極性。激勵的手段單一，國企長期以來的晉公升方式都是以崗位晉公升為主，尤其是行政級別晉公升是獲得晉公升的唯一通道。
另外，國有企業激勵多以金錢為主，而對員工的精神需求不重視。同時還缺乏員工職業發展通道體系，不能讓員工感受到未來的發展方向，沒有起到很好的激勵效果。激勵缺乏針對性，國企普遍的做法都是採用「一刀切」的激勵措施，對不同性質的員工採用相同的激勵手段，結果適得其反。
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