檔案整理是指將處於零亂的和需要進一步條理化的檔案，進行基本的分類、組合、排列、編號、編制目錄、建立全宗等，組成有序體系的過程。檔案整理的基本要求：遵循檔案材料的形成規律和特點，保持檔案材料之間的有機聯絡；區分檔案材料的價值，確定檔案的保管期限；便於保管和利用。
檔案整理的檔案範圍是：凡是本機關工作活動中形成的，具有查考儲存價值的檔案材料，包括收發文電、內部檔案、會議檔案、**記錄、圖表、簿冊、**、錄音、錄影、計算機碟片、實物以及本機關編印的出版物等，在辦理完畢後均須整理儲存。
檔案整理的方法有兩種：一是以「案卷」為單位整理。二是以「件」為單位整理。
以「案卷」為單位整理就是立卷，即按照檔案材料在形成和處理過程中的聯絡將其組合為案卷。所謂案卷，就是一組密切聯絡的檔案的組合體。立卷是乙個分類、組合、編目的過程。
分類即按照立檔單位的檔案分類方案，對檔案材料進行實體分類；組合即將經過分類的檔案材料，按一定形式組合起來；編目即將經過組合以後的檔案材料，進行系統排列和編目。以「案卷」為單位整理的檔案，其基本保管單位是案卷。案卷捲皮有軟卷皮和硬卷皮2種，硬卷皮型號有1.
2，1.5，2.0cm三個規格，以軟卷皮裝訂的檔案必須按案卷順序裝入檔案盒，以案卷為單位整理文書材料時應當符合《文書檔案案卷格式》（gb/t9105-88）的規定。
以「件」為單位整理就是按照檔案材料形成和處理的基本單位進行整理。一般來講，乙份文書材料、一張圖紙或**、一盤錄音帶或錄影帶、一本表冊或證書、一面錦旗、乙個獎盃等均為一件。文書材料的正本與定稿作為一件，正文與檔案處理單為一件（處理單包括：
收文處理單、擬辦單、發文稿頭紙及領導批示的簽批條等），**件與被**件為一件，正文與附件作為一件，原件與複製件為一件，報表、名冊、圖冊、刊物等每冊為一件，來文與復文及其他相關檔案可為一件。以「件」為單位整理的檔案，其基本保管單位是件。以「件」為單位整理的檔案最後要裝入檔案盒內。
全縣副科級以上各級黨的機關、行政機關、社會團體和其他組織需歸檔的文書檔案按「件」整理，企事業單位有關黨群工作、行政管理、經營管理、生產技術管理類歸檔檔案材料按「件」整理，整理的依據是2023年12月國家檔案局發布的8號令和2023年12月發布的《歸檔檔案整理規則》。
各單位專門業務檔案按照上級業務主管部門或者縣檔案局有關要求以「卷」為單位整理。大部分單位短期保管的（現10年）文書檔案，鄉財政所、中心學校等二級機構文書、業務檔案按「卷」整理。
聲像、電子、實物檔案按「件」整理，電子檔案整理要求按照國家檔案局發布的《電子公文歸檔管理暫行辦法》以及《電子檔案歸檔與管理規範》（gb/t 18894-2002）執行。**檔案整理按國家檔案局2023年發布的《**檔案管理規範》（gb/t 11821-2002）執行。
科技檔案按「卷」整理，整理要求按照國家質量技術監督局頒布的《科學技術檔案案卷構成的一般要求》（gb/t 11822-2000）執行。其中科研檔案還可按國家檔案局頒發的《科學技術研究課題檔案管理規範》da／t2-92執行。基建工程檔案按照國家檔案局、國家計委2023年頒發的《基本建設專案檔案資料管理暫行規定》執行。
會計檔案按「盒（卷）」整理，整理的依據是財政部、國家檔案局2023年發布的關於《會計檔案管理辦法》（財會字〔1998〕32號）。
按「件」整理的檔案整理步驟是：檔案分類、鑑定保管期限、裝訂、排列、編號、蓋歸檔章、編制歸檔檔案目錄、裝盒、填寫備考表、填寫檔案盒封面、編寫歸檔檔案整理說明、編制歸檔檔案目錄冊、檔案排架。
按「卷」整理的檔案整理步驟是：檔案分類、鑑定保管期限、排列、編頁號、編制卷內檔案目錄、裝訂案卷、填寫備考表、填寫案卷封面、編寫立卷說明、編制案卷目錄、編制全引目錄、檔案排架。
一、檔案的分類原則：以各單位全部檔案為物件，依據其基本職能，結合檔案內容、形成特點以及載體形式，保持檔案之間的有機聯絡，實現檔案分類、整理、排列、保管、檢索、編目的標準化和規範化，便於檔案的科學管理與開發利用。
二、檔案的分類和大類設定辦法
（一）大類的設定原則上每各單位設定八個大類，即文書檔案、業務檔案、科技檔案（含科研、基建、裝置儀器等）、會計檔案、聲像檔案、電子檔案、實物檔案、圖書資料。
（二）各類內檔案的分類辦法
1、文書檔案分類有4種方法
（1）保管期限---年度分類法，即先將歸檔檔案按保管期限分類，每個保管期限下按年度分類，我縣以「件」整理的檔案多數單位採用這種方法，採用這種分模擬較便於操作，尤其對於小單位，而對於大一些的單位，雖說不用份問題，但為了查詢方便，還是要遵照傳統立卷方法和歸檔無奈整理的原則，將本單位上下級、同級及非隸屬單位有密切聯絡（針對本級）的材料組合在一起；將本單位各部門及與有關個人有聯絡的組合在一起；將同一工作、同一問題、同一案件、同一會議、同一專案、同一地區、同一事物等內容上有聯絡的檔案材料組合在一起；將同一時間、同一地區、同一文種、同一載體、同一規格等形式上有聯絡的檔案材料組合在一起；對於純上級檔案或下級檔案，在實際操作中，如果上、下級檔案不多，則和本級合併裝盒歸檔，如果上級檔案和下級檔案較多，則將上、下級檔案與本級檔案分開，上級排前，本級排中，下級排後。此種分類法盒號編制方法是同一保館期限下，從「1」開始編制乙個大流水號，件號編制方法是同一保管期限下、同一年度內，從「1」開始編制乙個流水號。這種分類法檔案盒背脊排列如圖：
（2）保管期限---年度---問題分類法，即先將應歸檔檔案材料按保管期限分類，每個保管期限下按年度分類。再在年度下按按問題（如綜合、政工、業務）分類，此種分類法適合以「卷」整理的檔案和部分以「件」整理檔案數量特別多的單位，以及上級業務主管部門有檔案這樣規定的單位（如縣農業發展銀行）。以「卷」為整理單位的，在按問題整理檔案前，先要按級別分類，上級、本級、下級檔案不得出現在同一卷中，除非是針對本級的檔案。。
以「件」為整理單位的，上、下級檔案又必須分到各個問題類目中。此種分類法盒號編制方法是同一保館期限下，從「1」開始編制乙個大流水號，件號編制方法是同一保管期限下、同一年度中，同乙個問題內從「1」開始編制乙個流水號。
（3）問題---年度----保管期限分類法，即先將歸檔檔案按問題分類，每各問題下按年度分類，再在年度下按保管期限分類。此種分類法只適合於按十大類分類的企業單位（如自來水公司），此種分類法盒號編制方法是同一問題內，從「1」開始編制乙個大流水號，件號編制方法是同一年度內，同一保管期限下，從「1」開始編制乙個流水號。
（4）年度---保管期限分類法。即先將歸檔檔案按年度分類，每個年度下按保管期限分類，此種分類法我縣只有中國銀行、工商銀行2個企業採用，他們是按照上級業務主管機關的規定辦的，此種分類法盒號編制方法是同一年度內，從「1」開始編制乙個流水號，件號編制方法是同一保管期限下，從「1」開始編制乙個流水號。 2、業務檔案按種類----保管期限---年度分類法。
3、科技檔案採用種類--保管期限—年度分類法。
4、會計類檔案分類有2種方法
（1）採用種類--保管期限—年度分類法。即把報表、賬簿、憑證、其他分開，再按年度時間排列，歷年各編乙個案卷流水號。這種方法適合會計檔案數量少的單位。
（2）年度---類別---保管期限的分類方法，首先應分開會計年度，再按形式分為幾類（先報表、帳薄再憑證），然後在各類內按保管期限的長短順序排列，一年編乙個案卷流水號。這種方法適合會計檔案數量特別多的單位。
5、聲像檔案一般採用載體形式--年度--保管期限分類法，按載體形式設定**類目時，音像類可分為**、錄音帶、錄影帶；
6、電子檔案按照載體形式--年度--保管期限分類法。電子類可分為磁帶、光碟；
7、實物檔案一般採用載體形式--年度分類法-，實物類可分為榮譽類、紀念品（禮品）類、印信類，也可以分為可折疊類和不可摺疊類等。
8、圖書資料按照類別---年度分類法。圖書資料類別一般分為政治、法規、業務、其他。
三、檔號（全宗號、目錄號、案卷號（件號）、頁號）的編制
（一）全宗號的編制全宗號填寫檔案館給立檔單位編制的代號，如邵東一中，縣檔案館確定其全宗號為「142」， 標識為「0142」。未確定全宗號的在檔案未進館之前該號可暫不填寫。企業可填寫表達單位的漢語拼音代字.
（二）目錄號編制。 填寫全宗內案卷所屬目錄的編號，在同乙個全宗內不允許出現重複的案卷目錄號，企業或參照《工業企業檔案分類試行規則》編制分類方案的單位，可填寫類別特徵** 。案卷目錄號應根據全宗內檔案整理狀況設定。
可按不同時間，不同組織結構，不同保管期限，不同專題或不同載體形態設定案卷目錄號。每一案卷目錄所含案卷數量一般以三位數為宜。即，案卷目錄內案卷數量不足1000時，一般不另立案卷目錄，亦不另編案卷目錄號；案卷數量超過1000時，一般應另立案卷目錄，並另編案卷目錄號。
在乙個全宗內不應有重複的案卷目錄號。目錄號是由漢語拼音字母和阿拉伯數字組成的檔案類別**標識。不同級位的類別之間可用間隔符「●」分開。
不產生誤解時，省略間隔符。
1、一級類目的目錄號採用其類目中有代表性的一到二個漢字的大寫漢語拼音字母編寫。即w代表文書檔案；y代表業務檔案（如果乙個單位的業務檔案門類很多，可以分別用y1、y2、y3等標識）；j代表科技檔案；k代表會計檔案（報表k1、賬本k2、憑證k3)；x代表音像檔案；d代表電子檔案；sw代表檔案實物。
2、採用阿拉伯數字「1」、「2」、「3」分別表示「永久」、「長期（或30年）」、「短期（或10年）」三個不同的保管期限。
3、目錄號編制示例
業務檔案目錄號 y1 代表永久類的業務檔案；y2 代表長期（或30年）類的業務檔案；y3 代表短期（或10年）類的業務檔案。
（三）案卷（件）號、頁號
1、案卷號是目錄內案卷的順序編號，案卷號用三位阿拉伯數字標識。目錄內的案卷按排列次序流水編號，不應有空號，在同乙個案卷目錄（或分類體系的最低一級類目）內也不允許出現重複的案卷號，每一案卷目錄內的全部案卷只應編乙個流水順序號。如乙個目錄出現兩個以上（含兩個）案卷流水順序號時應重新編案卷號或分設案卷目錄。
以「卷」整理的文書檔案、業務、科技檔案分別在同一保管期限內依次編寫案卷號，再以案卷為單元依次編寫件號（填寫在順序號欄）和頁號。會計檔案中的財務報表，賬本，憑證、其他按「大流水」形式編寫案卷號，在每乙個案卷內編寫頁號。
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