17第十六章RNA的生物合成

2022-12-31 23:36:02 字數 4926 閱讀 9085

2023年s. b. weiss和j.

hurwitz等各自在大腸桿菌裂解液中發現了dna依賴的rna聚合酶(dna-dependent rna polymerase, rna pol )。在此之前s. ochoa已經提出了rna的轉錄機制,並因此獲得2023年度諾貝爾生理/醫學獎。

生物體以dna為模板合成rna的過程稱為轉錄(transcription),意指將dna的鹼基序列轉抄為rna。dna分子上的遺傳資訊是決定蛋白質氨基酸序列的原始模板, mrna是蛋白質合成的直接模板。通過rna的生物合成,遺傳資訊從染色體的貯存狀態轉送至胞質,從功能上銜接dna和蛋白質這兩種生物大分子。

2023年,f. crick將上述遺傳資訊的傳遞方式歸納為中心法則(central dogma)。2023年h.

temin發現了逆轉錄現象,對中心法則進行了補充。

在生物界,rna合成有兩種方式。一是dna指導的rna合成,也稱轉錄,為生物體內的主要合成方式。轉錄產物除mrna,rrna和trna外,在真核細胞內還有snrna, mirna等非編碼rna。

對rna轉錄過程的調節可以導致蛋白質合成速率的改變,並由此而引發一系列細胞功能變化。因此,理解轉錄機制對於認識許多生物學現象和醫學問題具有重要意義。mrna轉錄過程及其加工和剪下錯誤可引起疾病。

rna的轉錄合成是本章的主要內容。

另一種是rna依賴的rna合成(rna-dependent rna synthesis),也稱rna複製(rna rep-lication),由rna依賴的rna聚合酶(rna-dependent rna polymerase)催化,常見於病毒,是逆轉錄病毒以外的rna病毒在宿主細胞以病毒的單鏈rna為模板合成rna的方式,限於篇幅本章未予敘述。

轉錄和複製都是酶促的核昔酸聚合過程,有許多相似之處。它們都以dna為模板;都需依賴dna的聚合酶;聚合過程都是核昔酸之間生成磷酸二醋鍵;都從5』向3』方向延長聚核昔酸鏈;都遵從鹼基配對規律。但相似之中又有區別(表16-1)。

第一節原核生物轉錄的模板和酶

rna的生物合成屬於酶促反應,反應體系中需要dna模板,ntp,rna pol,其他蛋白因子及mg2+和mn2+等。合成方向5'→3',核昔酸間的連線方式為3',5'一磷酸二酯鍵。

312第十六章 rna的生物合成 313

一、原核生物轉錄的模板

在dna分子雙鏈上,按鹼基配對規律能指導轉錄生成rna的一股鏈作為模板指導轉錄,另一股鏈則不轉錄,這種模板選擇性稱為不對稱轉錄(asymmetric transcription)。用rna對dna的核酸雜交法(見第二十章)或做dna、rna鹼基序列測定比較,都可證明dna分子上的乙個基因只有一股鏈可轉錄生成其編碼產物(圖16-1a)。

作為乙個基因載體的一段dna雙鏈片段,轉錄時作為rna合成模板的一股單鏈稱為模板鏈(template strand),相對應的另一股單鏈被稱為編碼鏈(coding strand)。轉錄產物若是mrna,則可用作翻譯的模板,決定蛋白質的氨基酸序列(圖16-l b)。模板鏈既與編碼鏈互補,又與mrna互補,可見mrna的鹼基序列除用u代替t外,與編碼鏈是一致的。

文獻刊出的各個基因的鹼基序列,為避免煩瑣和便於查對遺傳密碼,一般只寫出編碼鏈。

二、rna聚合酶催化rna合成

(一)rna聚合酶能從頭啟動rna鏈的合成

dna依賴的rna pol催化rna的轉錄合成。該反應以dna為模板,以atp、gtp、utp和ctp為原料,還需要mg2+和zn2+作為輔基。rna合成的化學機制與dna的複製合成相似。

rna pol通過在rna的3'-oh端加入核苷酸,延長rna鏈而合成rna.。3'-oh在反應中是親核基團,攻擊進入的核苷三磷酸的α-磷酸,並釋放出焦磷酸,總的反應可以表示為:(nmp) n+ntp→(nmp)n+1+ppi。

rna聚合酶和雙鏈dna結合時活性最高,但是只以雙鏈dna中的一股dna鏈為模板。新加入的核苷酸以watson-crick鹼基配對原則和模板的鹼基互補。

前述的dna聚合酶在啟動dna鏈延長時需要rna引物存在,而rna聚合酶能夠直接啟動轉錄起點處的兩個核苷酸間形成磷酸二酯鍵(圖16-2),因而rna鏈的起始合成不需要引物。

(二)rna聚合酶由多個亞基組成

大腸桿菌(e. coli)的rna聚合酶是目前研究得比較透徹的分子。這是乙個分子量達480kda,由4種亞基α2(2個α) 、β、β』和σ組成的五聚體蛋白質。

有證據表明,大腸桿菌rna聚合酶還有第五種亞基(w亞基)存在,其功能不詳,本章不予贅述。其他各主要亞基及功能見表16-2。

314 第三篇遺傳資訊的傳遞

大腸桿菌rna pol的4個主要亞基(α2ββ』)稱為核心酶(core enzyme)。體外或稱試管內轉錄(in vitro transcription)實驗(含有模板、酶和ntp)證明,核心酶能獨立催化模板指導的rna合成,但合成rna時沒有固定的起始位點。加入了σ亞基的酶才能在dna的特定起始點上起始轉錄,可見σ亞基的功能是辨認轉錄起始點。

σ亞基與核心酶共同稱為全酶。細胞內的轉錄起始需要全酶。轉錄延長階段則僅需核心酶。

圖16-3示rna聚合酶全酶在轉錄起始區的結合。

大腸桿菌內有一些不同的rna pol全酶,其差異是σ亞基的不同。目前已發現多種σ亞基,並用其分子量命名區別,最常見的是σ70(分子量70kda)。σ70是辨認典型轉錄起始點的蛋白質,大腸桿菌中的絕大多數啟動子可被含有σ70因子的全酶所識別並啟用

第十六章 rna的生物合成 315

將細菌從通常培養的37℃公升溫至42℃,細菌可迅速增加一套共17種蛋白質的合成。這些蛋白質被稱為熱激蛋白(heat shock proteins, hsp)。當溫度公升至50℃,大部分蛋白質合成已停止,hsp卻能繼續合成。

hsp的編碼基因稱為熱激基因(hsp)。hsp基因的轉錄起點的上游序列與其他基因不同,因而需另一種σ因子,即σ32(分子量32kda)辨認及啟動其轉錄。可見,σ32是應答熱刺激而被誘導產生的,它本身也屬於一種hsp。

框16-1 rna聚合酶的發現

早在2023年,m. grunberg-manago和s. ochoa就已報道分離出了催化合成rna的酶,儘管人們隨後發現他們分離得到的酶是多聚核苷磷酸化酶,但是他們發現的酶在 和j.

h. matthaei合成第乙個遺傳密碼子中發揮了重要作用。s.

ochoa因闡明rna生物合成機制而獲得了2023年諾貝爾生理學/醫學獎。2023年,美國科學家j. hur-witz在大腸桿菌的抽提液中分離得到了真正的rna聚合酶。

與此同時,s. b. weiss在大鼠肝細胞核提取物中也發現了參與rna合成的物質。

他們發現,提純的rna聚合酶在體外能夠以dna為模板,在加入atp、gtp、ctp、utp及mg2+等後合成rna,合成的rna與dna模板鏈完全互補。

其他原核生物的rna pol在結構和功能上均與大腸桿菌相似。抗生素—利福平(rifampi-cin )或利福黴素可以特異抑制原核生物的rna pol,成為抗結核菌**的藥物。它專一性地結合rna聚合酶的β亞基。

若在轉錄開始後才加入利福平,仍能發揮其抑制轉錄的作用,這說明β亞基是在轉錄全過程都起作用的。

三、rna聚合酶結合到dna的啟動子上啟動轉錄

對於整個基因組來講,轉錄是分割槽段進行的。每一轉錄區段可視為乙個轉錄單位,稱為操縱子(operon)(第十八章)。操縱子中包括了若干個基因的編碼區及其調控序列。

調控序列中的啟動子(promoter)是rna pol結合模板dna的部位,也是控制轉錄的關鍵部位。原核生物是以rna pol全酶結合到啟動子上而啟動轉錄的,其中由σ亞基辨認啟動子,其他亞基相互配合。

啟動子結構的闡明回答了轉錄從**起始這一問題,是轉錄機制研究的重要發現。研究中採用了一種巧妙的方法,即rna聚合酶保**。在實驗中,先將提取的dna與提純的rna聚合酶混合溫育一定時間,再加入核酸外切酶進行反應。

結果顯示,大部分dna鏈被核酸酶水解為核苷酸,但一40~6bp的dn**段被保留下來。這段dna沒有被水解,是因為rna聚合酶結合在上面,因而受到保護。受保護的dna位於轉錄起始點的上游,並最終被確認為是被rna聚合酶辨認和緊密結合的區域,是轉錄起始調節區(圖16-4)。

對數百個原核生物基因操縱子轉錄上游區段進行的鹼基序列分析,證明rna聚合酶保護區存在共有序列。以開始轉錄的5』-端第一位核苷酸位置轉錄起點(transcription start site,tss;或initiator)為+1,用負數表示其上游的鹼基序號,發現-35和-10區a-t配對比較集中。-35區的最大一致性序列是ttgaca。

-10區的一致性序列tataat,是2023年由d. pribnow首先發現的,故稱為pribnow盒(pribnow box)。-35與-10區相隔16~18個核苷酸,-10區與轉錄起點相距6或7個核苷酸。

a-t配對相對集中,表明該區段的dna容易解鏈,因為a-t配對只有兩個氫鍵維繫。比較rna pol結合不同區段測得的平衡常數,發現rna pol結合在-10區比結合在-35區更為牢固。從rna pol分子大小與dna鏈長的比較,可確定其結合dna鏈時分子的跨度。

這些結果都能推論出:-35區是rna pol對轉錄起始的識別序列(recognition sequence)。結合識別序列後,酶

316 第三篇遺傳資訊的傳遞

向下游移動,達到pribnow盒,酶形成相對穩定的酶一dna複合物,就可以開始轉錄。

第二節原核生物的轉錄過程

原核生物的轉錄過程可分為轉錄起始、轉錄延長和轉錄終止三個階段。

一、轉錄起始需要rna聚合酶全酶

轉錄全過程均需rna pol催化,起始過程需核心酶,由σ亞基辨認起始點,延長過程的核苷酸聚合僅需核心酶催化。簡言之,轉錄起始就是rna pol 在dna模板的轉錄起始區裝配形成轉錄起始複合體,開啟dna雙鏈,並完成第一和第二個核昔酸間聚合反應的過程。轉錄起始複合物中包含有rna pol 全酶、dna模板和與轉錄起點配對的ntps。

起始階段的第一步是由 rna pol 識別並結合啟動子,形成閉合轉錄複合體(closed transcription complex),其中的dna仍保持完整的雙鏈結構。原核生物需要靠rnapol中的σ亞基辨認轉錄起始區和轉錄起點。首先被辨認的 dna 區段是 -35區的ttgaca序列,在這一區段,酶與模板的結合鬆弛;接著酶移向 -10區的tataat序列並跨過了轉錄起點,形成與模板的穩定結合。

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