中醫理論的核心包括三個方面：整體觀念、辨證論治、天人合一。如果不明「陰陽」的真實意義，這三個方面也就都無從論起了。
現在的中醫教材對這個核心和「陰陽」的解釋全都牽強附會。如：上為「陽」，下為「陰」；表為「陽」，裡為「陰」；把器質說成是「陰」，把功能說成是「陽」。
像這樣用所謂「樸素的唯物主義」理論來解釋，那麼，「陰陽」在臨床辨證論治方面就失去了真正的意義和作用。而且，在教材中對於「真陰真陽」的概念絕少論及，所以，「真陰真陽」與「陰邪陽邪」的概念就極易混淆，在大學裡講解「陰陽」的章節和課時極少，早已完全失去了中醫原有的精髓，都只是在皮肉上做文章。國康源中藥油與**針灸就是以這三個中心為理論基礎！
整體觀念 —— 在中醫理論的核心中排在第一位，因為「陰陽」乃是一氣，人的全身沒有一處沒有「陰陽」，除非人死了，「陰陽」是一時也不會分開的。這一點，前文已經說得很清楚了。如果說把五臟六腑以及它們的關係看成是乙個密不可分的整體，這是依照經脈和解剖的理論所進行的解釋，這樣的解釋也是正確的，但卻是排在「陰陽」理論之下，已經屬於次一等的解釋了，如果依照這個次一等的理論去學習，即使學出來也不會是高手。
如果把臟腑的功能按照西醫的理論進行解釋，即使條目是中醫的，也不能稱之為純粹中醫的「整體觀念」了。而且，如果連「陰陽」都沒有搞懂，談論「邪正」又有什麼意義呢。
辨證論治 —— 是在領悟了「整體觀念」的基礎上所進行的靈活運用。現代中醫將辨證論治作為中醫理論的核心，這種看法是不妥當的，這是在臟腑關係的基礎上所作出的結論，而沒有上公升到「陰陽」的高度來看問題，這是不懂「陰陽」所造成的。其實道理很簡單，辨證論治的「證」指的就是「陰陽」得證候，而不是指症狀。
在綱目的分類方式中，「證」屬於綱，「症」屬於目。比如：陰盛陽虛屬於證，而無神、聲低、少氣、畏寒等屬於症。
所謂「辨證論治」就是「綱舉目張」的道理。如果不懂「陰陽」，那麼，「辨證論治」豈不就成了「辨症論治」了嗎？現代中醫基本上都屬於後者，拘泥於成方而不知變通，用某方治好了某病，於是就一門深入，成了擅長治某病的專家，卻不會**其它的疾病，這與擅長分科的西醫沒有什麼差別。
而真正的中醫是不分科的，沒聽說華佗、張仲景、孫思邈、陳修園等著名醫學家是哪一科的專家。所以，只知辨症而不知辨證，這就是現在醫（學）院中「明醫沒幾個，專家任扒拉」的原因。這就是為何先用**針灸調理臟腑，用中藥油歸經的原因。
天人合一 —— 是中醫思辨和修養的最高境界。現代中醫藥大學的《中醫基礎理論》教材已經基本將其刪除了，只剩下前兩個作為理論核心，這是乙個非常可悲的事情。孔子在《大學》中說：
「致知在格物。物格而後知至。」意思是：
要想達到智慧型的頂點就必須懂得如何將世界萬物分門別類到頂點。如果將世界萬物分門別類到了頂點，就可以達到智慧型的頂點。所謂「格物」，是通過努力學習知識，竭力**自己的本性，才能夠將自然的道理與人身的道理結合並統一。
進一步說，就是不被紛亂障眼的事物和慾望所蒙蔽，能夠透過現象看到事物無形的本質。比如：通過對自然界中四季的寒熱變化的觀察和分析進而領悟到人身「陰陽」的變化，並將這個道理運用到自身道德的修養和身體的修煉上，最後體悟到自身的「陰陽」與天地的「陰陽」交感互動，這才是真正體會到「陰陽」。
如果懂得了「陰陽」的變化規律，辨證論治就易如反掌。
在《論語》中有這樣一段對話：
孔子說：「沒有人知道我呀！」子貢問道：
「為什麼沒有人知道您呢？」孔子說：「我不怨恨天，不責備人，學習一些平常的知識，卻透徹了解了很高的道理。
知道我的，只有天吧！」（《論語》14.35）
但是，道理不是說出來的，而是通過在社會和對自身的刻苦實踐得來的。理論上說得容易，而對「陰陽」體會的內容卻是實實在在的。希望學者讀到此處，應該努力學習反省才是，切不可以此學說來炫耀
自己，更不可據此而指責他人。
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