專業模式和綜合模式是設計院現行的兩種非彼即此的組織模式。實踐中，很多設計院從初期的專業模式變革到綜合模式，現在，又有很多設計院再次回到專業模式，同時，還有為數眾多的設計院仍處於痛苦的兩難選擇之中。兩種組織模式分別存在嚴重的實踐缺陷，使設計院在兩種組織模式間搖擺，難以走出組織模式設計的困境。
設計院只有完善專案管理，並在此基礎上構造專業矩陣制結構或超矩陣制組織結構，才能真正解決設計院在組織模式設計中遇到的問題，步入設計院組織發展的良性軌道。
一、設計院現行組織模式及其缺陷
專業模式和綜合模式是設計院現行的兩種基本組織模式。本質上，專業模式是直線職能制組織結構在設計院的具體表現，綜合模式是事業部制組織結構在設計院的具體表現。
在專業模式下，專業生產資源按專業集中配置在各個專業所(或專業處)，管理資源集中配置在院級職能部門，由院級職能部門完成對所有專案的計畫管理——從編制生產計畫，到組織落實、專業協調和監督檢查，由各專業所(或專業處)按院生產作業計畫要求完成本專業的設計生產任務；在綜合模式下，各專業生產資源按各業務需要，分散配置到不同的二級綜合院內，管理資源也根據各業務需要分散配置到二級綜合院中，由各二級綜合院負責本院內所有專案的計畫管理，並由二級綜合院內的各專業生產資源完成自身的專案生產任務。
由於兩種組織模式在資源配置方式上的差異，導致這兩種組織模式優缺點的差異。生產資源按專業集中配置，有利於形成各專業的規模經濟，各專業的生產能力較高；管理資源分散配置到各二級綜合院，從理論上說，就是對二級綜合院進行管理分權和業務型別管理的專業化，即「管理分工」，如同「勞動分工」可以提高勞動效率的道理一樣，管理分工可以提高管理能力，使得設計院業務管理能力(包括經營能力和生產管理能力)較高。因此，對於乙個既定的設計院而言，專業模式的優點在於其較高的專業生產能力，缺點在於其較低的業務管理能力；綜合模式的優缺點與專業模式相反：
業務管理能力高而專業生產能力低。
除此之外，兩種組織模式還分別存在各自的其它缺陷，尤其是綜合模式，對專業建設和技術進步的破壞性很大，目前很多採取綜合模式的設計院，也已經越來越明顯的感受到了這方面的問題。
二、專案管理是走出設計院組織模式困境的基礎
從當前設計院產能和組織效率不高角度看，兩種組織模式都不是很好的選擇。
對設計院而言，實際生產能力受制於兩個因素：各專業生產能力和生產管理能力。如同「木桶原理」——木桶能裝的水取決於木桶最低一塊木板，設計院的實際生產能力取決於「產能」和「管能」中某個「短板」的水平。
在專業模式和綜合模式中，「專業生產能力」和「生產管理能力」好似「蹺蹺板」，兩者呈現相互矛盾的反比例變化，結果無論採用哪種模式，始終都存在制約實際生產能力的「短板」，導致兩種組織模式都不能最大程度的發揮潛在生產能力，都存在產能低、效率差的問題。
必須改變現行的業務執行方式，才能走出設計院組織模式的困境。集中計畫管理的業務執行方式是當前許多設計院普遍採用的業務管理方式——很多設計院雖然引入了專案管理，但由於完善程度不夠及組織環境的支撐性不強，導致業務管理方式的實際轉變不大，最多不過是「以專案為物件」的集中計畫管理而已。該管理模式主要是通過常規組織體系的行政指揮系統實現的，而一旦通過常規組織體系的行政指揮系統完成業務，則整個業務執行的實現過程必然需要行政權力作為保障，而一旦如此，則必然導致設計院在組織模式上出現困境：
採用綜合模式時，各個二級綜合分院要想做到指揮有效，必然要求將其所需要的生產資源(專業設計生產人員)納入其行政指揮系統內，即將生產資源分散配置到各個二級綜合分院，於是專業生產規模經濟必然被破壞；若採用專業模式，生產管理就必然只能由院集中進行，而不可能進行管理分權化，於是業務管理能力必然下降。
專案管理的業務執行方式不需要大量借助常規組織的行政指揮系統，而是在專案管理制度制約下，通過專案部和內部各業務單位之間的商務關係完成專案生產工作。這樣，就自然避免了「集中計畫管理模式」下設計院組織模式的設計困境。在專案管理基礎上，即使採用專業模式，也仍然能通過管理的專業化和分權化實現綜合模式管理能力高的優點。
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