原料接收是關鍵控制點，因為發生較嚴重的化學和生物危害的原料如果未經控制而人廠，後續的加工環節可能無法再消除或降低這些危害。而控制原料接收點的安全風險，首先要制訂工廠的原料接收標準，這些標準中的專案及指標值應不低於國家標準的規定，如國家對小麥的衛生指標的規定；第二要建立標準接收檢驗程式，程式中要對包括運輸工具、方式、抽樣方法、檢驗結果的處理、留樣制度等作出詳細規定;第三要有合格的、負責任的檢驗、接收人員。當小麥中衛生指標超標時，應拒收。
對於轉基因小麥必須要有標識，要在接收、儲存、加工、運輸、包裝過程中單獨處理，對產品和副產品都要明確標識，並具有可追溯性。
2.2關鍵控制點2原料儲存
原料的正確儲存非常重要。首先各種原料的堆放應有正確的規劃，防止相互摻混;第二要控溫控濕，防止發霉變質;第三要防止蟲害鼠害和鳥害。如果這些危害一旦發生，後續工段將很難消除。
2.3關鍵控制點3原料與中間品的運輸
原料和中間品的廠內運輸涉及許多裝置。運輸中發生的危害主要是交叉汙染，特別是微生物、蠟類等害蟲的汙染。因此，建立對運輸環節的有效控制程式並切實執行這些程式是非常必要的。
2.4關鍵控制點4原料的清理
原料的清理主要是去除物理危害，如清理篩主要去除大雜、輕雜和部分小雜。磁選機主要去除磁性雜質，表面處理可以除去泥土、部分汙染物、微生物等，如果清理裝置不能有效發揮作用，將造成對裝置以及人身和消費者的傷害。
2.5關鍵控制點5——修飾
麵粉在修飾改性過程中會使用新增劑，部分新增劑處理不當會造成對麵粉安全性的危害。
2.6關鍵控制點6——成品儲存
麵粉產品的儲存也是關鍵控制點，由於儲存不當而造成產品發生霉變、汙染、受熱均會造成麵粉的安全性間題。
2.7關鍵控制點7——計量包裝
包裝過程由於包裝器材的安全衛生情況和標識正確與否而成為關鍵控制點。
2.8關鍵控制點8——成品發放
成品的發放運輸有散裝和包裝兩種形式。對於散裝產品，必須使用清潔的專用散裝車，避免通過運輸工具使產品受到有害物質的汙染，同時使用者的箭鑑培收下且椒必須清潔。對於包裝產品而言，也必須使用清潔的運輸工具，防雨防汙。
2.9關鍵控制點9——產品檢驗
產品檢驗結果是判別產品合格、安全的依據，如果檢驗方法存在問題或檢驗儀器效能不佳，計量不准，取樣不具代表性或檢化驗人員出錯，均會導致檢驗結果失實，造成產品的安全風險。所以，必須進行有效的控制。
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