行政訴訟的程式指行政訴訟的整個過程的階段劃分以及各個階段中人民法以及訴訟參加人、訴訟參與人各自的訴訟權利和訴訟義務。行政訴訟程式是法定程式，人民法院及訴訟參加人等都應嚴格依法定程式審理訴訟案件或參與訴訟活動。
一、關於起訴受理
根據《行政訴訟法》的規定，「對屬於人民法院受案範圍的行政案件，公民、法人或者其他組織可以先向上一級行政機關或者法律、法規規定的行政機關申請復議，對復議不服的，再向人民法院提起訴訟，也可以直接向人民法院提起訴訟」。
這一規定說明：原告人起訴，必須屬於法院受案範圍的案件;原告人提起訴訟前是否先經過行政復議，由原告人自選擇;復議申請向原行政機關的上一級行政機關提出。《行政訴訟法》對原告人提起訴訟進行了時效限制：
經復議而起訴的，應在收到復議決定書之日起15日內提起;復義機關逾期不作決定的(除法律、法規另有規定者外，《行政訴訟法》對復義期規定為2個月)，申請人在復議期滿之日起3個月內提出(法律另有規定者除外
二、關於一審程式
一審程式自法院落立案起到做出判決、裁定止。具體審理程式有通過被告、準備**、宣布**、法庭調查、法庭辯論、當事人最後陳述。一審訴訟期間，不停止具體行政行為的執行。
但是，如被告認為需要停止執行的;原告申請停止執行，人民法院認為該具體行政行為的執行會造成難以彌補的損失，並且停止執行不損害社會公共利益，裁定停止執行的;法律、法規規定停止執行的，停止具體行政行為的執行。停止執行不能理解為撤銷或改變決定，而是對原決定執行的凍結狀態。公開審理案件。
但涉及國家秘密、個人隱私和法律另有規定的除外。
經過法庭調查、法庭辯論和當事人的最後陳述，合議庭認為本案事實已經清楚，雙方當事人對自己訴訟理由的陳述已經充分，有關證據材料已全部核實，有關法律、行政法規依據已經全部明確，有關參照的行政規章已經明了並且其中相互不一致的規定也通過有關部門做出有效解釋或裁決，經過合議庭成員按民主集中制進行合議，根據不同情況，分別做出如下判決：判決維持(行政機關的具體行政行為) 判決撤銷或部分撤銷、判決變更(某一行政處罰)。
三、二審程式
根據規定，人民法院審理上下訴案件，應當在收到上訴狀之日起2個月內做出終審判決。二審案件的審理，也有時間限制不能超過2個月。有特殊情況需要延長的，由高階人法院批准，高階人民法院審理上級案件需要延長的，由最高人民法院批准。
當事人如對二審判決仍有異議，可以通過審判監督程式提出申訴，但判決或裁定並不停止執行。
人民法院審理上訴案件，按不同情形，分別採取三種處理方式：判決駁回上訴，維持原判，依法改判。根據我國行政訴訟案實行兩審終審準確度的規定，上訴案件一經判決即發生法律效力。
雖然當事人如仍認為判決有錯誤，還可以申請，但判決、裁定不停止執行。
四、審判監督程式
依據規定，審判監督程式，可能是起因於當事人的申訴，也可能起因於法院自己發現其判決、裁定違反法律、法規或由於上級法院的指令，還可能起因於檢察院的監督。但審判監督程式的實際提起，則只能由人民法院或者人民檢察院。
當事人對已經發生法律效力的判決、裁定，認為確有錯誤的，可以向原審人民法院或者上一級人民法院提出申訴(但判決、裁定不停止執行)。上級人民法院對下級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，發現違反法律、法規規定，認為需要再審的，提交審判委員會決定是否再審。人民檢察院對人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，發現違反法律、法規規定的，有權按照審判監督程式提出抗訴。
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