締約國，意識到生物多樣性的內在價值，和生物多樣性及其組成部分的生態、遺傳、社會、經濟、科學、教育、文化、娛樂和美學價值，還意識到生物多樣性對進化和保護生物圈的生命維持系統的重要性，確認保護生物多樣性是全人類共同關切的問題，重申各國對它自己的生物資源擁有主權權利，也重申各國有責任保護它自己的生物多樣性，並以可持久的方式利用它自己的生物資源，關切一些人類活動正導致生物多樣性的減少，意識到普遍缺乏關於生物多樣性的資訊和知識，亟需開發科學、技術和機構能力，從而提供基本理解，據以策劃與執行適當措施，注意到**、預防和從根源上消除導致生物多樣性嚴重減少或喪失的原因，至為重要，並注意到生物多樣性遭受嚴重減少或損失的威脅時，不應以缺乏充分的科學定論為理由，而推遲採取旨在避免或盡量減輕此種威脅的措施，
注意到保護生物多樣性的基本要求，是就地保護生態系統和自然生境，維持恢復物種在其自然環境中有生存力的種群，並注意到移地措施，最好在原產國內實行，也可發揮重要作用；認識到許多體現傳統生活方式的土著和地方社群同生物資源有著密切和傳統的依存關係，應公平分享從利用與保護生物資源及持續利用其組成部分有關的傳統知識、創新和實踐而產生的惠益，並認識到婦女在保護和持續利用生物多樣性中發揮極其重要作用，並確認婦女必須充分參與制訂和實施保護生物多樣性的各級政策，強調為了生物多樣性的保護及其組成部分的持續利用，促進國家、**間組織和非**部門之間的國際、區域和全球性合作的重要性和必要性，承認提供新的和額外的資金和適當取得有關的技術，可對全世界處理生物多樣性喪失問題的能力產生重大影響，進一步承認有必要訂立特別的條款，以滿足發展中國家的需要，包括提供新的和額外的資金和適當取得有關的技術，注意到最不發達國家和小島嶼國家這方面的特殊情況，承認有必要大量投資以保護生物多樣性，而且這些投資可望產生廣泛的環境、經濟和社會惠益；認識到經濟和社會發展以及**貧困是發展中國家第一和壓倒一切的優先事務，意識到保護和持續利用生物多樣性對滿足世界日益增加的人口對糧食、健康和其他需求至為重要，而為此目的取得和分享遺傳資源和遺傳技術是必不可少的，注意到保護和持續利用生物多樣性最終必定增強國家間的友好關係，並有助於實現人類和平；期望加強和補充現有保護生物多樣性和持久使用其組成部分的各項國際協議；並決心為今世後代的利益，保護和持續利用生物多樣性.
茲協議如下：
第1條目標
本公約的目標是按照本公約有關條款從事保護生物多樣性、持續利用其組成部分以及公平合理分享由利用遺傳資源而產生的惠益；實施手段包括遺傳資源的適當取得及有關技術的適當轉讓，但需顧及對這些資源和技術的一切權利，以及提供適當資金。
第2條用語為本公約的目的：
「生物多樣性」是指所有**的活的生物體中的變異性，這些**除其他外包括陸地、海洋和其他水生生態系統及其所構成的生態綜合體；這包括物種內、物種之間和生態系統的多樣性。
「生物資源」是指對人類具有實際或潛在用途或價值的遺傳資源、生物體或其部分、生物種群、或生態系統中任何其他生物組成部分。
「生物技術」是指使用生物系統、生物體或其衍生物的任何技術應用，以製作或改進特定用途的產品或工藝過程。
「遺傳資源的原產國」是指擁有處於原產境地的遺傳資源的國家。
「可提供遺傳資源的國家」是指**遺傳資源的國家，此種遺傳資源可能是取自原地**，包括野生物種和馴化物種的種群，或取自移地保護**，不論是否原產於該國。
「馴化或培殖物種」是指人類為滿足自身需要而影響了其演化程序的物種。
「生態系統」是指植物、動物和微生物群落和它們的無生命環境作為乙個生態單位互動作用形成的乙個動態複合體。
「移地保護」是指將生物多樣性組成部分移到它們的自然環境之外進行保護。
「遺傳材料」是指來自植物、動物、微生物或其他**的任何含有遺傳功能單位的材料。「遺傳資源」是指具有實際或潛在價值的遺傳材料。
「生境」是指生物體或生物種群自然分布的地方或地點。
「原地條件」是指遺傳資源生存於生態系統和自然生境之內的條件；對於馴化或培殖的物種而言，其環境是指它們在其中發展出其明顯特性的環境。
「就地保護」是指保護生態系統和自然生境以及維持和恢復物種在其自然環境中有生存力的種群；對於馴化和培殖物種而言，其環境是指它們在其中發展出其明顯特性的環境。
「保護區」是指乙個劃定地理界限，為達到特定保護目標而指定或實行管制和管理的地區。
「區域經濟一體化組織」是指由某一區域的一些主權國家組成的組織，其成員國已將處理本公約範圍內的事務的權力付託它並已按照其內部程式獲得正式授權，可以簽署、批准、接受、核准或加入本公約。
「持續利用」是指使用生物多樣性組成部分的方式和速度不會導致生物多樣性的長期衰落，從而保持其滿足今世後代的需要和期望的潛力。
「技術」包括生物技術。
第3條原則
依照聯合國憲章和國際法原則，各國具有按照其環境政策開發其資源的主權權利，同時亦負有責任，確保在它管轄或控制範圍內的活動，不致於對其他國家的環境或國家管轄範圍以外地區的環境造成損害。
第4條管轄範圍
以不妨礙其他國家權利為限，除非本公約另有明文規定，本公約規定應按下列情形對每一締約國適用：
（a）生物多樣性組成部分位於該國管轄範圍的地區內；
（b）在該國管轄或控制下開展的過程和活動，不論其影響發生在何處，此種過程和活動可位於該國管轄區內，也可在該國管轄區外。
第5條合作
第一締約國應盡可能並酌情直接與其他締約國，。
第6條保護和持續利用方面的一般措施
每一締約國應按照其特殊情況和能力：
(a) 為保護和持續利用生物多樣性制定國家戰略、計畫或方案，或為此目的變通其現有戰略、計畫或方案；這些戰略、計畫或方案除其他外應體現本公約內載明與該締約國有關的措施；
(b) 盡可能並酌情將生物多樣性的保護和持續利用訂入有關的部門或跨部門計畫、方案和政策內。
第7條查明與監測每一締約國應盡可能並酌情，特別是為了第8條至第10條的目的：
(a)查明對保護和持續利用生物多樣性至關重要的生物多樣性組成部分，要顧及附件1所載指示性種類清單；
(b)通過抽樣調查和其他技術，監測依照以上(a)項查明的生物多樣性組成部分，要特別注意那些需要採取緊急保護措施以及那些具有最大持續利用潛力的組成部分；
(c)查明對保護和持續利用生物多樣性產生或可能產生重大不利影響的過程和活動種類，並通過抽樣調查和其他技術，監測其影響；
(d)以各種方式儲存並整理依照以上(a)、(b)、(c)項從事查明和監測活動所獲得的資料。
第8條就地保護每一締約國應盡可能並酌情：
(a)建立保護區系統或需要採取特殊措施以保護生物多樣性地區；
(b)於必要時，制定準則據以選定、建立和管理保護區或需要採取特殊措施以保護生物多樣性地區；
(c)管制或管理保護區內外對保護生物多樣性至關重要的生物資源，以確保這些資源得到保護和持續利用；
(d)促進保護生態系統、自然生境和維護自然環境中有生存力的種群；
(e)在保護區域的鄰接地區促進無害環境的持續發展，以謀增進這些地區的保護；
(f)除其他外，通過制定和實施各項計畫或其他管理戰略，重建和恢復已退化的生態系統，促進受威脅物種的復原；
(g)制定或採取辦法以酌情管制、管理或控制由生物技術改變的活生物體在使用和釋放時可能產生的危險，即可能對環境產生不利影響，從而影響到生物多樣性的保護和持續利用，也要考慮到對人類健康的危險；
(h)防止引進、控制或消除那些威脅到生態系統、生境或物種的外來物種；
(i)設法提供現時利用與生物多樣性的保護及其組成部分的持續利用彼此相輔相成所需的條件；
(j)依照國家立法，尊重、儲存和維持土著和地方社群體現傳統生活方式而與生物多樣性的保護和持續利用相關的知識、創新和實踐並促進其廣泛應用，由此等知識、創新和實踐的擁有者認可和參與下並鼓勵公平地分享因利用此等知識、創新和做法而獲得的惠益；
(k)制定或維持必要立法和/或其他規範性規章，以保護受威脅物種和種群；
(l)在依照第7條確定某些過程或活動類別已對生物多樣性造成重大不利影響時，對有關過程和活動類別進行管制和管理；
(m)進行合作，就以上(a)至(l)項所概括的就地保護措施，特別向發展中國家提供財政和其他支助。
第9條移地保護
每一締約國應盡可能並酌情，主要為輔助就地保護措施起見：
(a)最好在生物多樣性組成部分的原產國採取措施移地保護這些組成部分；
(b)最好在遺傳資源原產國建立和維持移地保護及研究植物、動物和微生物的設施；
(c)採取措施以恢復和復原受威脅物種並在適當情況下將這些物種重新引進其自然生境中；
(d)對於為移地保護目的從自然生境中收集生物資源實施管制和管理，以避免威脅到生態系統和當地的物種種群，除非根據以上(c)項必須採取臨時性特別移地措施。
(e)進行合作，為以上(a)至(d)項所概括的移地保護措施以及在發展中國家建立和維持移地保護設施提供財政和其他援助。
第10條生物多樣性組成部分的持續利用每一締約國應盡可能並酌情：
(a)在國家決策過程中考慮到生物資源的保護和持續利用；
(b)採取有關利用生物資源的措施，以避免或儘量減少對生物多樣性的不利影響；
(c)保護並鼓勵那些按照傳統文化慣例而且符合保護或持續利用要求的生物資源習慣使用方式；
(d)在生物多樣性已減少的退化地區支助地方居民規劃和實施補救行動；
(e)鼓勵其**當局和私營部門合作制定生物資源持續利用的方法。
第11條鼓勵措施
每一締約國應盡可能並酌情採取對保護和持續利用生物多樣性組成部分起鼓勵作用的經濟和社會措施。
第12條研究和培訓考慮到發展中國家的特殊需要，締約國應：
(a)在查明、保護和持續利用生物多樣性及其組成部分的措施方面建立和維持科技教育和培訓方案，並為該教育和培訓提供資助以滿足發展中國家的特殊需要； (b)特別在發展中國家，除其他外，按照締約國會議根據科學、技術和工藝諮詢事務附屬機構的建議作出的決定，促進和鼓勵有助於保護和持續利用生物多樣性的研究；
(c)按照第16、18和20條的規定，提倡利用生物多樣性科研進展，制定生物資源的保護和持續利用方法，並在這方面進行合作。
第13條公眾教育和意識
締約國應：
(a)促進和鼓勵對保護生物多樣性的重要性及所需要的措施的理解，並通過大眾傳播工具進行宣傳和將這些題目列入教育大綱；
(b)酌情與其他國家和國際組織合作制定關於保護和持續利用生物多樣性的教育和公眾意識方案。
第14條影響評估和儘量減少不利影響
1、每一締約國應盡可能並酌情：
(a)採取適當程式，要求就其可能對生物多樣性產生嚴重不利影響的擬議專案進行環境影響評估，以期避免或盡量減輕這種影響，並酌情允許公眾參加此種程式
(b)採取適當措施，以確保其可能對生物多樣性產生嚴重不利影響的方案和政策的環境後果得到適當考慮；
(c)在互惠基礎上，就其管轄或控制範圍內對其他國家或國家管轄範圍以外地區生物多樣性可能產生嚴重不利影響的活動促進通報、交流資訊和磋商，其辦法是為此鼓勵酌情訂立雙邊、區域或多邊協議；
(d)，應立即將此種危險或損害通知可能受影響的國家，並採取行動預防或盡量減輕這種危險或損害；
(e)促進做出國家緊急應變安排，以處理大自然或其他原因引起即將嚴重危及生物多樣性的活動或事件，鼓勵旨在補充這種國家努力的國際合作，並酌情在有關國家或區域經濟一體化組織同意的情況下制定聯合應急計畫。
2、締約國會議應根據所作的研究，審查生物多樣性所受損害的責任和補救問題，包括恢復和賠償，除非這種責任純屬內部事物。
第15條遺傳資源的取得
1、確認各國對其自然資源擁有的主權權利，因而可否取得遺傳資源的決定權屬於國家**，並依照國家法律行使。
2、每一締約國應致力於創造條件，便利其他締約國取得遺傳資源用於無害環境的用途，不對這種取得施加違背本公約目標的限制。
3、為本公約的目的，本條以及第16和19條所指締約國提供的遺傳資源，僅限於這種資源原產國的締約國或按照本公約取得該資源的締約國所提供的遺傳資源。
4、取得經批准後，應按照共同商定的條件並遵照本條的規定進行。
5、遺傳資源的取得須經提供這種資源的締約國事先知情同意，除非該締約國另有決定。
6、每一締約國使用其他締約國提供的遺傳資源從事開發和進行科學研究時，應力求這些締約國充分參與，並於可能時在這些締約國境內進行。
7、每一締約國應按照第16和19條，並於必要時利用第20和21條設立的財務機制，酌情採取立法、行政或政策性措施，以期與提供遺傳資源的締約國公平分享研究和開發此種資源的成果以及商業和其他方面利用此種資源所獲的利益。這種分享應按照共同商定的條件。
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