中小企業在制定內部控制制度時，應遵從以下原則：
1.靈活性原則
中小企業行業分布廣，各有特點，因此，在制定內部控制制度時，不能照般其他企業的做法，而應當根據本企業業務、規模等特點，靈活地制定適合本企業情況的控制制度。
2.成本效益原則
內部控制的任何分工、審核、制衡，都必須考慮是否符合成本效益原則。如果分工和制衡的成本高於其效益，則不應當採用該項控制。判斷一項控制的成本效益，並非易事，而往往需要較多的主觀判斷。
需要指出的是，判斷一項控制是否符合成本效益原則，應當站在企業整體利益的角度上考慮。如儘管一些控制會影響工作效率，但對整個企業來講，如果不採用該項控制，則可能對企業造成更大損失，則仍應實施該項控制。
3.重要性原則
對企業成敗有直接影響，如影響盈虧、成本的重要事項，嚴格控制；次要的事項，根據企業的能力限制，簡單控制或不控制。
4.時效性原則
內部控制隨著企業內外環境的變化，其效果也會發生變化。因此，企業主（或相關人員）應當適時對內部控制進行評估，以發現可能存在的重大缺陷，並採取措施予以補救。
5.相互牽制原則
相互牽制既是內部控制的乙個基本方法，也是內部控制的一項基本原則。內部控制應當保證單位內部機構、崗位及其職責許可權的合理設定和分工，堅持不相容職務相互分離，確保不同人員和崗位之間權責分明、相互制約、相互監督，應避免乙個人對某一項業務可以單獨處理，或有絕對控制權，而必須經過其他人或部門的審查、核對，以最大限度地減少錯誤和舞弊現象的發生。當然，中小企業由於人員有限，不可能象大企業那樣實行嚴格的相互牽制制度。
但是仍應當避免乙個人包攬一項業務的整個過程，可以採取相互交叉複核，定期檢查或指定專人審核的辦法，使各人都無法方便地進行舞弊行為。
6.領導（業主）重視原則
中小企業中個體私營企業居多，家族式企業居多，這樣的企業，內部控制的成敗很大程度上決定於領導或企業主的重視和執行程度，如果領導或企業主對內部控制不重視，或自身置於內部控制之外，隨便變更、存廢控制制度，將造成內部控制制度失效。
由於小企業人員、資源有限，無法像大公司那樣建立全面系統的內部控制，但小企業仍然應當建立最基本的控制制度，以保證企業目標的實現，提高企業的抗風險能力。中小企業應建立以下基本的內部控制制度：
(1)明確職責劃分，做到既不留死角又使各個崗位和人員之間不交叉、衝突。應讓每個員工了解自己的工作和要求。應當明確授權部門和人員的許可權，禁止越權。
並制定有明確的獎懲辦法，對違反企業管理制度的員工按規定進行處罰。在不能做到職責劃分的情況下，應當加強事後的檢查監督。
(2)對於記賬、出納、保管等不相容業務，應盡量由不同人員擔任。如人員有限，也應保證管賬的不管錢，管錢的不管賬。同時應建立複核制度。
(3)建立實物盤點制度。定期盤點存貨等實物資產，並將其與記錄相比較，看是否存在缺損現象，並查明原因。
(4)制定明確的預算管理辦法，進行預算控制，或起碼對重要的專案編有預算。在季末或年末，應將實際業績與預算相對比，找出差距，查明原因並採取措施加以糾正或修訂預算。
(5)建立成本控制制度。企業應制定成本費用標準，分解成本費用指標。並經常對成本進行分析，考核成本費用指標的完成情況，找出成本差異的原因。
企業可以制定標準成本，如果由於條件所限，不可能實行完全的標準成本制度，可以只制定重要成本專案的標準。
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