當確定了關鍵控制點（ccp）後，必須為每個關鍵控制點設立關鍵限值（cl），用於控制每個顯著危害。所謂關鍵限值（cl）是與乙個ccp相聯絡的每個預防措施所必須滿足的標準，它是確保食品可接受與不可接受的界限，也就是說關鍵限值是乙個數值，而不是乙個數值範圍。
對於每個ccp，通常存在多種選擇方案來控制一種特定的顯著危害。不同的控制選擇通常需要建立不同的關鍵限值，選擇關鍵限值的原則是：快速、準確和方便，具有可操作性。
在實際操作當中，多用一些物理的(如時間、溫度、厚度、大小)、化學的(如ph值、水活度值、鹽量濃度)指標；而不要用一些費時費錢又需要大量樣品而且結果不均一的微生物學限量或指標。例如，為油炸魚餅（ccp）設立關鍵限值（cl），以控制致病菌，有以下三種選擇方案：選擇１：
cl值定為"無致病菌檢出"；選擇２：cl值定為"最低中心溫度66℃；最少時間１分鐘"；選擇３：cl值定為"最低油溫177℃；最大餅厚0.
25英吋；最少時間１分鐘"。顯然，在選擇１中所採用的cl值（微生物限值）是不實際的，通過微生物檢驗確定cl值是否偏離需要數日，很費時，cl值不能及時監控。此外，微生物汙染帶有偶然性，需大量樣品檢測，結果才有意義。
微生物取樣和檢驗往往缺乏足夠的敏感度和現實性；在選擇２中，以油炸後的魚餅中心溫度和時間作為 cl值，就要比選擇１更靈敏、實用，但存在著難以進行連續監控的缺陷；在選擇３中，以最低油溫、最大餅厚和最少油炸時間作為油炸工序(ccp)的cl值，確保了魚餅油炸後應達到的殺滅致病菌的最低中心溫度和油炸時間，同時油溫和油炸時間能得到連續監控（油溫自動記錄儀／傳送網帶速度自動記錄儀）。因此，選擇３是最快速、準確和方便的，是最佳的ｃｌ選擇方案。
另外，選擇關鍵限值應具有科學依據。正確的關鍵限值需要通過實驗或從科學刊物、法律性標準、專家及科學研究等渠道收集資訊，予以確定，例如，從雜誌文章、食品科學教科書、微生物參考書、**食品衛生管理指南、進口國食品衛生標準、熱力殺菌管理當局、食品科學家、微生物學家、裝置製造商、大學研究服務機構處獲得。
當然，在不少情況下，合適的關鍵限值（cl）未必容易找到，甚至於找不到，食品加工企業就應選用乙個保守的cl值。用於確定cl值的根據和資料應予存檔，作為haccp計畫的支援性檔案。
關鍵限值的建立是與後面的監控以及糾正措施相互聯絡的，當監控發現加工一旦偏離了關鍵限值，就要及時採取糾正措施。糾正措施不但要查詢和消除發生偏離的原因，防止偏離再次發生，還要隔離和重新評估發生偏離期間所生產的產品，以確保食品安全。因此只設立關鍵限值不利於生產控制，為此我們還要為關鍵控制點設立乙個操作限值。
操作限值（oｌ）是比關鍵限值（cl）更嚴格的限度，由操作人員使用的，以降低偏離的風險的標準。操作限值應當確立在關鍵限值被違反以前所達到的水平。操作限值（oｌ）的建立應考慮：
1、裝置操作中操作值的正常波動；2、避免超出乙個關鍵限值；3、質量原因等。
操作限值不能與關鍵限值相混淆。在實際加工過程中，當監控值違反操作限值時，需要進行加工調整。加工調整是為了使加工回到操作限值內而採取的措施。
加工調整不涉及產品，只是消除發生偏離操作限值的原因，使加工回到操作限值。加工人員可以使用加工調整避免加工失控和採取糾正措施的必要，及早地發現失控的趨勢並採取行動可以防止產品返工，或造成產品的報廢。只有監控值違反了關鍵限值時，才採取糾正措施。
由此不難看出，haccp體系的正確建立和有效實施，不但可以提公升企業的管理水平，還可以降低生產成本。以最低的生產成本，創造最佳的經濟效益。
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