第四十四條：違反本條例第十一條規定，未經審批擅自興建水利工程，但不違反水利工程建設規劃的，由縣級以上水行政主管部門給予警告，責令其限期補辦手續；違反水利工程建設規劃的，責令其停止違法行為，採取補救措施，並處以三千元以上一萬元以下罰款。
違法行為情形和處罰標準:
未經審批擅自興建水利工程，並違反水利工程建設規劃的
（1）停止違法行為並在規定期限內採取補救措施的，處以3千元罰款；
（2）停止違法行為但未在規定期限內採取補救措施的，處以3千元以上5千元以下罰款；
（3）拒不停止違法行為的，處以5千元以上1萬元以下罰款。
第四十五條違反本條例第二十條、第二十一條、第二十二條規定的，由縣級以上水行政主管部門責令其停止違法行為，採取補救措施，可以並處三千元以下罰款。
違法行為情形和處罰標準:
（1）停止違法行為並在規定期限內採取補救措施的，可以並處1千元以下罰款；
（2）停止違法行為但未在規定期限內採取補救措施的，可以並處1千元以上2千元以下罰款；
（3）拒不停止違法行為的，可以並處2千元以上3千元以下罰款。
第四十六條有本條例第二十九條第三款規定行為之一的，或者違反本條例第三十條第二款規定造成水利工程損壞的，由縣級以上水行政主管部門責令其停止違法行為，採取補救措施，並處以五百元以上二萬元以下罰款。
違法行為情形和處罰標準:
違反上述規定，《水法》、《防洪法》有處罰規定的，按照相應的裁量標準執行，《水法》、《防洪法》沒有處罰規定的，按照以下標準執行
（1）停止違法行為並在規定期限內採取補救措施的，處以500元以上3千元以下罰款；
（2）停止違法行為但未在規定期限內採取補救措施的，處以3千元以上1萬元以下罰款；
（3）拒不停止違法行為的，處以1萬元以上2萬元以下罰款。
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