生態補償標準的確定一般參照以下4方面的價值進行初步核算：生態保護者的投入和機會成本的損失；生態受益者的獲利；生態破壞的恢復成本；生態系統服務的價值。
1、按生態保護者的直接投入和機會成本計算
生態保護者為了保護生態環境，投入的人力、物力和財力應納入補償標準的計算之中。同時，由於生態保護者要保護生態環境，犧牲了部分的發展權，這一部分機會成本也應納入補償標準的計算之中。從理論上講，直接投入與機會成本之和應該是生態補償的最低標準。
2、按生態受益者的獲利計算
生態受益者沒有為自身所享有的產品和服務付費，使得生態保護者的保護行為沒有得到應有的回報，產生了正外部性。為使生態保護的這部分正外部性內部化，需要生態受益者向生態保護者支付這部分費用。因此，可通過產品或服務的市場交易**和交易量來計算補償的標準。
通過市場交易來確定補償標準簡單易行，同時有利於激勵生態保護者採用新的技術來降低生態保護的成本，促使生態保護的不斷發展。
3、按生態破壞的恢復成本計算
資源開發活動會造成一定範圍內的植被破壞、水土流失、水資源破壞、生物多樣性減少等，直接影響到區域的水源涵養、水土保持、景觀美化、氣候調節、生物供養等生態服務功能，減少了社會福利。因此，按照誰破壞誰恢復的原則，需要通過環境治理與生態恢復的成本核算作為生態補償標準的參考。
4、按生態系統服務的價值計算
生態服務功能價值評估主要是針對生態保護或者環境友好型的生產經營方式所產生的水土保持、水源涵養、氣候調節、生物多樣性保護、景觀美化等生態服務功能價值進行綜合評估與核算。國內外已經對相關的評估方法進行了大量的研究。就目前的實際情況，由於在採用的指標、價值的估算等方面尚缺乏統一的標準，且在生態系統服務功能與現實的補償能力方面有較大的差距，因此，一般按照生態服務功能計算出的補償標準只能作為補償的的參考和理論上限值。
參照上述計算，綜合考慮國家和地區的實際情況，特別是經濟發展水平和生態破壞，通過協商和博弈確定當前的補償標準；最後根據生態保護和經濟社會發展的階段性特徵，與時俱進，進行適當的動態調整。
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