蘋果貯藏過程中的病害可分為兩種：一種是生理性病害，另一種是微生物侵染性病害。兩種病害多種多樣，不過隨著田間管理的科學化規範化，採後貯藏技術的日趨成成熟，許多病害已很少發生。
就目前而言膠東富士蘋果貯藏過程中常見生理病害有虎皮病、二氧化碳中毒和苦痘病；常見微生物侵染型病害有黴心病、輪紋病、青黴病等。
需要特別指出的是部分生理病害（虎皮病）和多數侵染性病害發生的早晚與蘋果本身成熟衰老有關。成熟衰老會產生一些對果實有害的氣體，成熟衰老會使果實對病原微生物的抵抗能力下降，從而導致了多種病害的發生。
1生理性病害
生理性病害是指蘋果在採前或採後由於不適宜的環境條件或其他理化因素造成的生理障礙。
1.1虎皮病
虎皮病目前發展成富士蘋果貯藏過程中最為常見的生理性病害。有些冷風庫在4月份就有虎皮病發生；有的保鮮庫6、7月份出庫時雖然前幾批蘋果中沒有發現虎皮病，但當一庫蘋果快出完時（15天甚至更長）就大面積發生了虎皮病；有些是在出庫後的運輸和銷售階段，由於溫度公升高，短短幾天時間就大面積發生，使蘋果的商品價值大為降低。
虎皮病的發病機理是：呼吸產生的α-法呢烯被氧化成共軛三烯，共軛三烯聚合成不透氣的膜，阻礙了蘋果的氣體交換，導致表皮中乙醛、乙醇等呼吸產物的積累，造成表皮細胞中液胞膜的壞死，從而導致虎皮病發生。共軛三烯的濃度越大，虎皮病的發生率越高。
影響虎皮病發生的因素大體可分為以下幾種：（1）採收成熟度過低、過高均加重此病害。（2）採前天氣乾熱加重此病。
（3）著色面發病輕，被陰面發生嚴重。（4）套袋果更易發病，樹體鬱閉，通風透光性差，也導致此病嚴重。但套袋總體上利大於弊，總體上大大提高果實外觀質量。
（5）貯藏溫度過高，加快此病的發生。
目前，蘋果虎皮病還是有很好的防治辦法的。可以概括為：（1）控制適宜的採收期；（2）採後盡快入庫降溫；（3）貯藏中控制低溫，採取近冰點貯藏的方法；（4）控制適宜的氣體成份，採用氣調貯藏；（5）冷風庫內加強通風換氣；（6）使用果蔬抗衰老保鮮劑 1-mcp處理。
目前最有效措施是在低溫貯藏的基礎上使用果蔬抗衰老保鮮劑 1-mcp處理。
1.2苦痘病
苦痘病有些年份發病嚴重有些年份發病較輕，主要是因果實鈣含量低，總氮和蛋白質氮以及鉀、鎂含量較高造成的，也與成熟期氣溫偏高、乾旱、水分失調，修剪過重和貯期溫度過高等因素有關，蘋果果皮下部及花萼端的鈣濃度最低，最易發病。
苦痘病的防治措施只要有：（1）果樹開花後4～5週噴2次0.75％氯化鈣液或0.
8％硝酸鈣液；（2）採後用2～4％氯化鈣液浸果和適當降低貯藏溫度等，都能減輕該病害；（3）土壤有機質含量高的果園，苦痘病發生較輕，因此增施有機肥提高土壤有機質含量，可以明顯減輕該病的發生。
1.3 co2傷害
富士蘋果對co2 較敏感，co2濃度過高會導致中毒現象，主要表現為果實表面或內部組織或兩者都發生褐變，出現褐斑、凹陷嚴重形成空腔。
防止co2中毒的主要措施：（1）氣調庫要嚴格控制co2和o2的含量；（2）對於普通冷風庫要將內襯的保鮮袋打孔或是將保鮮袋折口，另外要定期開啟通風口或庫門通風，通風換氣要選擇晴朗天氣、內外溫差小的時候進行，通風時間可根據庫房大小和風機排風量來確定。
2微生物侵染性病害
侵染性病害又稱寄生性病害或傳染性病害，是由病原菌侵染引起的病害。
2.1黴心病
近年來，富士蘋果黴心病的發病率逐年上公升，已從輕度發生，上公升為高度感病，特別是套袋果實的發病率高。這是一種病害為開花座果時期即侵染的病害，貯藏中每年都有發生，有些在收購時掰開蘋果就能發現果核部位的白色菌絲。因為果心發病，貯藏企業收購時從外觀上難以察覺，借助先進儀器，可以發現，但儀器售價高，目前還難以大面積推廣使用。
要想要從根本上解決問題，還是要消除田間侵染，即田間防治。可以在果樹現蕾至落花後10天，噴波爾多液、撲海因等；幼果期和果實膨大期噴0.4%硝酸鈣一二次。
採後控制措施有：（1）貯藏中控制低溫，採取近冰點貯藏的方法；（2）使用果蔬抗衰老保鮮劑1-mcp處理。這些措施可以較好地控制蘋果成熟衰老，增加對病菌的抵抗力控制採後黴心病的發展。
2.2輪紋病
輪紋病是富士蘋果果樹和果實上常見的一種微生物侵染性病害，枝幹染病嚴重的可導致絕收毀園，果實染病爛果率高者可達50%以上。果實發病初期出現淡褐色的腐爛小斑，然後輪狀軟腐，不凹陷，病斑迅速擴充套件，後期果實全部腐爛。
導致輪紋病發生的因素有：（1）果實生長期間降雨頻繁，降雨量大；（2）越冬病菌剷除不力；（3）樹勢過弱導致易染病。防治措施主要有：
（1）增施有機肥，增強樹勢；（2）休眠期清除果園枯枝幹樁，刮除枝幹輪紋病病瘤、病斑，塗抹多菌靈·福美砷(配比l：1)80
倍液，全園噴布100倍菌之敵加500倍強滲果樹農藥增效劑；（3）花後7～l0天，噴布70％菌殺寶800倍，或60％菌迪擂600倍殺滅初侵染病菌；（4）果實套袋。
2.3青黴病
青黴病多發生在採收後和貯藏期間的果實上，並且多從碰、壓、磕、刺傷或病蟲害的部位侵入發病。病斑初為黃白色，近圓形；當條件適宜時，病斑表面叢生小黴塊，初為白色，後變為綠色，上面被覆粉狀物，時間延長，變為青綠色；會使整果腐爛、爛果發出酸臭味。
防治措施主要有：（1）庫房及包裝器材消毒；（2）採收、運輸時防治機械傷；（3）挑選包裝時剔除帶傷果；（4）低溫貯藏的基礎上使用果蔬抗衰老保鮮劑 1-mcp處理防治蘋果衰老，增加蘋果對病原菌的抵抗力。
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