第二，對人力資源、薪酬的認識不足
知識經濟時代下，人力資源是貨幣資源的創造者，所以企業在管理活動中，應該將工作重點放在人力資源的的儲備以及培養上，以期通過對企業內部人力資源的充分利用，為企業創造出更大的經濟價值和物質價值。然而，現實是，我國國內企業在對待人力資源管理這個問題上，並沒有引起足夠的重視。具體到薪酬方面，很多企業的領導者僅僅是將薪酬看作是企業的成本，對薪酬在企業發展中的重要性認識不足，甚至還存在著一些錯誤的認識，如將薪酬看作工資福利加獎金，或高工資等於高的員工滿意度, 一味追求物質報酬等，這無疑會妨礙薪酬管理的有效實施。
部分企業內部所建立的相關激勵機制和約束機制不健全，沒有充分、徹底的體現出企業人力資源的價值。
此外，由於企業對於人力資源管理的認識不足，許多企業管理者對人力資源管理人員任職專業資格並不看重，對企業薪酬管理人員的選拔任用上更是如此。不管是否具備薪酬管理的專業知識，都可以調任過來擔任企業的薪酬管理人員。這樣做的後果，導致企業的薪酬管理只是侷限於具體的數字計算，而不是企業人力成本價值的真正核算，更談不上企業薪酬管理的科學性和超前規劃。
第三，薪酬分配的基礎工作薄弱，缺乏必要的薪酬調查以及科學的考核、評價體系
要有科學合理的企業薪酬管理制度，必須先有科學合理的崗位設計與評價等人力資源管理前端工作做基礎。目前，有些企業，特別是部分私營企業，並沒有科學的職務或職位評價體系，崗位說明流於形式，對崗位的評價只是憑主觀印象，認為某些崗位重要，就對這類崗位薪酬定得很高，但實際上其實際價值並非如此。另一方面體現在對勞動者本身所具備的技術、業務能力水平和實際勞動貢獻的考核指標較少，使得考核工作流於形式，沒有與具體報酬相掛鉤"。
此外，必要的薪酬調查是制定科學合理薪酬管理制度的重要前提。但是，目前有的企業長期沒有在同行和同地區進行過薪酬調查，只是根據企業自身的經營狀況來決定和發放員工的薪酬；有些企業雖然定期進行了薪酬調查，但薪酬調查方式只是通過查閱當地勞動部門定期發布的一些粗放的資料，或者從同行中大體打聽一下，並沒有經過周密組織和認真實施，致使薪酬調查範圍狹窄，調查資料缺乏真實可靠性，最終制定的企業薪酬水平對外也就沒有真實可比性。
第四，薪酬結構不合理
（1）過分注重個人，忽視團隊。為了強化激勵,企業往往過分強調員工個人評價與激勵,但如果過分強調個人的作用,必將會影響員工之間的協作精神,從而影響組織整體的運作能力,最終導致企業經營管理鏈條的斷裂。注重團隊可保障企業員工的整體收入水平。
只有收入相對穩定, 才能使員工隊伍相對穩定。
（2）固定工資和變動工資比例不合理。據調查，企業中固定工資與變動工資的比例幾乎在所有的崗位（高，中，低）比例中都維持著 1：1 的關係。
尤其是低端崗位（生產工人）在吸引人才方面矛盾突出，很難找到合適的技術人員。在中高階的崗位，尤其是核心部門員工固定工資偏少，吸引力不高，工資與業績掛鉤不強，太多與企業效益掛鉤；另一方面，固定工資包含太多的元素，這些元素按一定比例分沒有發揮相應的激勵效果。
（3）非經濟性報酬的忽視。經濟性報酬會在中短期時間內激勵員工並調動員工的積極性,但是經濟性報酬不是萬能的,非經濟性報酬對員工的激勵是中長期的,是最根本的。中國很多企業在設計薪酬系統、開展薪酬管理工作時往往不夠重視員工的非經濟性報酬,有的甚至是完全忽略。
非經濟性的報酬包括舒適的工作環境、便利的條件、工作的挑戰性、責任感和成就感、輕鬆愉快的工作氛圍、員工個人價值的實現等。
（4）薪酬管理激勵方式單一。大多數企業分配方式單一，薪酬激勵主要依賴於獎金和績效工資，而對資本要素、勞動要素、管理要素和技術要素參與分配的方式使用較少、重視程度不夠。在實施激勵措施時並沒有對員工的需要進行分析，對所有的人採用同樣的激勵手段，結果適得其反。
第五，薪酬分配平均主義觀念嚴重
在一些企業的薪酬分配中，往往存在著薪酬分配與能力、貢獻嚴重脫鉤的問題。這種平均主義，吃「大鍋飯」的做法，違反了公平理論，同時打擊了努力工作、成績突出的員工的工作積極性，使他們覺得辛苦付出的得不到相應回報，無法實現自身的價值，有了想離開的念頭，跳槽另謀高就，這樣就對企業經營管理工作產生了不利的影響，給公司造成了極大的損失。平均主義也直接導致勞動人事制度改革的滯後，隨之又嚴重制約薪酬分配的改革，企業內部機構重疊，崗位職責不清，人浮於事的現象嚴重，缺乏崗位競爭，缺乏人員流動機制，人員能進不能出，現有的資本資源和人力資源沒有實現優化配置，這種情況勢必會在分配上加劇平均主義。
第六，企業的薪酬設計不合理，薪酬水平缺乏競爭力
在當今，借助高科技資訊共享的廣度與深度得到了進一步的擴大。求職者及企業員工可以通過多種渠道獲得期望職位的大致收入，但是許多企業管理層或人力資源部門卻遠遠滯後，忽視職工的需求，沒有根據實際情況對員工薪酬水平進行調整，這使得企業的薪酬水平缺乏競爭性與外部公平性。薪酬的外部公平性是影響員工繼續留在企業或是跳槽的重要因素之一。
薪酬缺乏競爭性很容易導致員工離職跳槽，這非常不利於企業的長遠發展，對企業造成了很大的損失，同時也不利於企業招募到優秀的人才。
由華恆智信分析員總結可以看出，我國企業薪酬管理中主要存在以下六點問題：第一，薪酬管理制度與公司經營發展戰略錯位；第二，對人力資源、薪酬的認識不足；第三，薪酬分配的基礎工作薄弱，缺乏必要的薪酬調查以及科學的考核、評價體系；第四，薪酬結構不合理；第五，薪酬分配平均主義觀念嚴重；第六，企業的薪酬設計不合理，薪酬水平缺乏競爭力。明確了企業薪酬管理中出現的問題，企業就可以基於這些問題進行有效的薪酬改革，從而真正到達薪酬改革的目的。
由此可見，明確企業薪酬管理中出現的問題對於企業進行有效的薪酬改革是至關重要的。
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