(2008/11/7整理,zlj)
原理:trizol是由酚與異硫氰酸胍組成的均相溶液,酚起到變性的作用,使蛋白變性,異硫氰酸胍可以抑制rna酶,防止rna的降解。
(一) 試劑準備
1. trizol試劑
2. 氯仿、異丙醇、無水乙醇(國產色譜純)
3. 三蒸水(娃哈哈)
4. 75%乙醇(depc h2o配製)
(用於擦槍等) 0.1%depc h2o配製。無水乙醇500ml,倒出200ml,加入100ml的0.1%depc h2o。
(用於rna洗滌)0.01%depc h2o配製。無水乙醇500ml,倒出200ml,加入100ml的0.01%depc h2o。
5. depc h2o
0.1%depc h2o(用於處理槍、槍頭盒)。用三蒸水配製。加入體積0.1%的depc
0.01%depc h2o (用於rna提取最後一步)三蒸水配製,加入體積0.01%的depc.蓋上膠塞,過夜,高壓滅菌.
6. pbs配製100ml,專門用於該實驗。
7. te緩衝液
8. 反轉錄試劑盒(mbi)
9. taq 酶 ——耐熱dna聚合酶(takara japen)
10. dntps (takara japen)
11. 溴酚蘭
12. marker
(二) 耗材準備
1. rnase-free塑料ep管。直接使用。
2. 一次性pe手套(3包)
3. 三種規格槍頭
處理:槍頭及槍頭盒,鑷子、及4ml國產ep管放入飯盒中,加入0.1%depc h2o,浸入後,蓋厚紗布,將處理的物品壓入水中,蓋上飯盒蓋,自封袋封好,室溫過液。
烘乾。滅菌30分鐘。
(三) rna提取
一步法提取細胞總rna
準備試管架、1.5ml ep管架、2套1.5mlep管、4ml處理過的ep管(數目同樣品數)
所有ep管標號
1. 收穫細胞,移入4ml離心管(處理過)中,1000轉離心5min,pbs洗一遍。
2. 每加入1ml trizol, 槍頭反覆吹打,移入1.5mlep管中,室溫靜置5min。不能隨意增加樣品量或減少trizol 量,否則會使內源性rnase的抑制不完全,導致rna降解。
3. 加氯仿200微公升,蓋好,劇烈**15秒。室溫放置2-3分鐘,4℃12000g離心15分鐘。
4. 仔細吸取上層水相(約500μl,槍調到170μl,吸三次),移到另一套1.5mlep管中。
5. 加500微公升異丙醇,將管中液體輕輕混勻,室溫靜置10min.
6. 4℃離心,12000g,10min, 棄上清。
7. 加入1ml 75%乙醇(0.01%depc處理過的),輕輕洗滌沉澱。4℃, 7500g, 離心5min。
盡可能吸走上清液
8. 室溫下揮幹(5-10分鐘),注意不能完全乾燥。加0.01%depc h2o 40μl, 吹打溶解,56℃水浴助溶10分鐘。-70℃冰箱儲存。
(四) 紫外吸收測定法分析rna濃度、純度
rna定量方法與dna定量相似。rna在260nm波長處有最大的吸收峰。因此,可以用260nm波長分光測定rna濃度,od值為1相當於大約40μg/ml的單鏈rna。
如用1cm光徑,用depc h2o稀釋dna樣品n倍並以depc h2o 為空白對照,根據此時讀出的od260值即可計算出樣品翻譯前的濃度。
操作步驟:
用depc h2o種類稀釋rna(稀釋600倍),即吸收10μlrna,加入te溶液1990,稀釋200倍,讀取其在分光光度260nm 和280nm 處的吸收值,以depc h2o調零。
樣品rna濃度(μg/ml)計算公式為:a260×稀釋倍數×40μg/ml,根據rna濃度測定的結果將總rna配製成1μg/ml。(a260*8μg/μl)用0.
01%depc水稀釋成1μg/μl的樣品rna濃度
rna溶液的a260/a280的比值檢測rna純度,比值範圍應在1.8-2.1之間。若比值較低,說明有殘餘蛋白質存在;比值太高,則提示rna有降解。
(五) rt合成cdna第一鏈(按照試劑盒操作說明進行,mbi)
1. 採樣品總rna 2μl
隨機引物 1μl
加depc h2o(9μl)到總體積12μl
離心3-5秒(掌上離心機)
2. 65℃,5分鐘;0℃ forever
離心3-5秒
3.冰上操作 (以下事先混合好,分別加入各種樣品中8μl)
加入5×reaction buffer4μl
ribonlocktmribonuclease inhibitor 1μl
10mm dntp mix2μl
revertaidtmm-mul v reverse transcripase 1μl
6. 25℃ 5分鐘,42℃ 60分鐘
7.70℃ 5分鐘, 4℃ forever。
cdna儲存在-20℃冰箱裡。
(六) pcr 反應及檢測
pcr擴增反應體系25μl:(按照順序加入pcr管中)
1st strand cdna 1μl
以下配好後,一起加入24微公升
10×pcr buffer 2.5μl
dntp mix 2μl (2.5mm×2μl)
引物(含目的基因及dapdh上、下游引物10pmol)1μl(80微公升0.01%depc,上下游引物分別加10微公升)
taq dna polymerase 1.25units 加入0.25微公升
三蒸水補足至25μl(18.25微公升0.01%depc)
取出後暫放4°冰箱儲存。
摸索條件:如果條帶拖尾,應增加退火溫度;沒有條帶是,降低退火溫度。可設定梯度公升溫程式,摸索哪個溫度最適合。
(七) 瓊脂糖凝膠電泳及半定量分析
配膠:稱0.6克瓊脂糖,加50毫公升dpe水(稍微多一些,因加熱時水分會蒸發,待膠澄清透明,晃動後從底下產生氣泡,恰好)。
等膠不燙手時加eb 2.5微公升。放好梳子,倒膠,趕氣泡,40分鐘後,拔梳子。
將膠放到電泳緩衝液中,上樣,跑電泳,90v 20分鐘。紫外燈下拍照。
取pcr擴增產物5μl,加入溴酚藍1μl,於含0。5μg/ml 溴化乙啶(eb)的1.2%瓊脂糖凝膠電泳,擴增條帶與標準dna分子量條帶比較。
quantity one software分析、讀取目的基因和gapdh條帶的光密度值,通過計算iod(目的基因)/iod(gapdh)的比值,從而得到目的基因的相對表達豐度。
(三)注意事項
1.樣品量和trizol加入量一定要按照步驟(1)的比例,不能隨意增加樣品量或減少trizol量,否則會使內源性rnase的抑制不完全,導致rna降解。
2. 實驗過程中必須嚴格防止rnase的汙染。
知識補充:
焦碳酸二乙酯(depc):depc即diethypyrocarbonate,
depc結構式
中文名為焦碳酸二乙酯。分子式為c6h10o5,分子量為162.14。
是一種強烈但不徹底的rna酶抑制劑。它通過和rna酶的活性基團組氨酸的咪唑環結合使蛋白質變性,從而抑制酶的活性。depc可以抑制植物細胞上的nscc,即nonselective cation channel (非選擇性陽離子通道)。
是常用的nscc抑制劑.
FISH操作步驟
樣品的預處理 1.取反應泥水混合物2ml 可視mlss的量來決定所取樣的多少 至離心管 2.離心 10000r min 5min,去上清液,加入1pbs緩衝液1ml重懸,重複操作兩次 3.加入1ml4 的多聚甲醛溶液重懸,放置於4攝氏度固體2小時 4.樣品離心 10000r min 5min,去上清...
操作步驟參考
1.對正文進行排版,其中 1 章名使用樣式 標題1 並居中 編號格式為 第x章,其中x為自動排序。操作步驟 把游標定位在第一章前,點選 格式 選單下的 樣式和格式 在右面的 樣式和格式 窗格中右鍵點選 標題1 選擇 修改 在 修改樣式 對話方塊中選擇 居中 點選 樣式 選擇 編號 在 專案符號和編號...
LMT操作步驟
第一部分 配置檔案的製作 1.開啟lmt 軟體,選擇離線配置模式,密碼111111 2.右鍵點選lte裝置,選擇開啟初配檔案,選擇d 配置檔案 3.對檔案進行配置,主要引數如下 1 局向 管理站資訊 操作維護鏈路 2 傳輸管理裡面的sctp鏈路,ip位址和路由關係 3 小區和小區網路規劃的引數配置。...