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困惑一：為什麼這些生物從地球上永遠消失了？

因為生物的出現是經過數億年從簡單到複雜、從低等到高等的進化而來的，地球環境一直在變（小到火山爆發、森林減少，大到滄海桑田）任何一種生物也都在進化中適應著，適應者才能生存，如果這一種生物全部都沒能適應，那就會從地球上永遠消失了。

困惑二：為什麼幾千萬年後這些生物還是老樣子？

當乙個物種長期處於適合其生存的環境中時，是不會有太大的種群進化的。或者它們已經進化到完全適應他們周圍的環境了，不需要再進化了。

困惑三：為什麼同一種生物會隨著時間的推移而出現變化？

這是因為隨著時間的推移，生態環境會發生相應變化，同一生物為適應改變的生態環境，才會不斷進化

困惑四：為什麼不同年代的地層中會出現不同的生物？它們之間有沒有聯絡？

化石與地層的關係是，在越古老的地層中挖掘出的化石，所代表的生物結構越簡單，分類地位越低等。而在距今越近的地層中挖掘出的化石，所帶變的生物結構越複雜，分類地位越高。從化石在地層中的順序我們可以知道生物進化的大至順序，從低階到高階、從簡單到複雜、從水生到陸生。

困惑五：為什麼有些動物肢體的動作方式完全不同，而它們的骨骼排列卻會如此相似？

從他們骨骼排列的相似點說明他們可能是有乙個共同的祖先進化而來的。

化石是怎樣形成的：

（1）有機物必須擁有堅硬部分。

如殼、骨、牙或木質組織。當然也有極個別的例外，即使是非常脆弱的生物，如水母、昆蟲等也能變成化石。

（2）生物在死後必須立即避免被毀滅。

（3）生物必須被某種能阻礙分解的物質迅速地埋藏起來。