根據目前法律規定的拆遷補償的兩種方式，即貨幣補償和產權調換，設有抵押權房屋的拆遷具體操作如下：
1、如果採用貨幣補償的方式操作
如果抵押房屋拆遷採用貨幣補償方式，應當先由抵押權人和抵押人協商重新設立抵押權或先償還債務，使抵押房屋原有的抵押權消失，被拆遷人方能向拆遷人領取補償金，如果抵押人和抵押權人不能訂立新的抵押協議或者不能清償到期債務，拆遷人有權暫不支付拆遷補償金。按照合同法的相關規定，拆遷人和被拆遷人都有及時通知抵押權人的義務。有的地方則有具體規定，。
2、採用產權調換方式的操作
如果被拆遷人在抵押房屋拆遷時，採用了產權調換的方式，其補償操作應注意以下兩點：
（1）抵押人和抵押權人應當就產權調換後的房屋作為房屋抵押物重新簽訂抵押合同，新的抵押合同必須依法成立並登記生效。否則拆遷人不得與被拆遷人訂立拆遷補償安置協議，即使訂立也會因違反擔保法的規定而無效。
（2）抵押權人與抵押人在拆遷主管部門公布的規定期限內達不成新的抵押協議的，則該房屋視為產權有爭議的房屋，由拆遷人參照產權糾紛的房屋達不成協議時的處理程式進行，即由拆遷人提出補償安置方案，報房屋管理部門審核同意後實施拆遷。拆遷前，房屋拆遷管理應當組織拆遷人對被拆遷人的房屋作勘察記錄，並由拆遷人向公證機關辦理證據保全。
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