我們的身體裡充滿了數以百計的不同種類的微生物，如真菌，病毒和細菌。對這些細菌早期的研究方法主要是通過大規模基因組測序(巨集基因組學)。
現在，注意力轉移到了解這些微生物的功能如何寄生子我們體內，乃至對我們健康的影響。
因為這些複雜的生物系統的種類很多，科學家們使用模擬器官來進行研究。模擬器官獲取比較方便，像果蠅，斑馬魚和老鼠不僅與我們有很多共同的基因，而且在生理功能上有許多類似的地方，他們體內也寄生著有我們身上類似的微生物。利用模擬器官有助於了解這些微生物寄生的方式。
做這些事的價值是可以從不同角度來看我們的進化，生理學，免疫學，藥物代謝和行為的方式。例子比比皆是。其中科學家最近在研究的是一種叫作類桿菌屬(bacteriodes)的細菌，這種細菌在我們在腸道中大量存在。
加州理工學院的研究人員將不同種類的類桿菌屬放入到無菌小鼠中，了解這些微生物如何在胃腸道中競爭和生存。結果顯示這種細菌能和大多數其他菌類和平共處。
進一步的調查顯示，由於一組特定的基因的關係，桿菌類可以生活在結腸的乙個隱蔽位置，在那裡他們可以免受抗生素和傳染性微生物的侵襲。該發現有助於解釋細菌是如何與其他菌種建立和保持長期共存，但提出了如何與宿主組織及其他菌類為何能夠共存的問題。
其他微生物科學家也在問：微生物基因如何影響我們？是什麼因素讓經常無害的微生物，如大腸桿菌產生致命的後果？這些微生物如何影響我們的生物機能？
這些都是需要解決的非常困難的問題，因為我們菌群的複雜，還要遇到實際困難，如建立、收集、管理和分析微生物資料的標準。
科學家們還在研究為什麼腸道某些微生物會影響某些藥物的有效性，影響我們的免疫力和新陳代謝，甚至影響我們的心情。他們的研究結果表明，調節內的微生物群落會產生某些意想不到的效果 - 也許僅僅通過飲食調整 - 可能解決許多問題，包括炎症性疾病，肥胖和焦慮。但在開發相關醫療產品之前，還有許多功課要做，如微生物主體的動態複雜性還需要進一步研究。
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