改革開放以來，我國高等院校生態文明教育雖然取得長足進步。但是，現階段生態文明教育仍然存在急待解決的問題。首先，青年學生生態文明意識觀念淡薄。
當前，當代大學生環境意識淡漠，環境知識欠缺，重大生態問題的冷漠意識和缺位，「知行背離」現象嚴重以及生態責任意識淡薄，主動參與積極性不高。同時，生態文明意識的淡薄也使高校存在著對人與自然觀念上的短期行為、利己主義、實用主義、追求短期利益以及對自然價值的忽視等現象嚴重制約著高校生態文明建設等。其次，高等院校生態教育師資缺乏。
在師資結構上，教師的人文與生態文明素質有待提高。一支既有專業資質，又有良好生態人格表率作用的教師隊伍還沒有形成。更為嚴重的是，從院系調整開始，中國大學的管理者、教育者和被教育者都存在著對生態科學輕視的傾向，加上社會政治原因使許多生態學教育科目被取締，使大學生中大多數人生態文明化素質水平降低，缺乏深厚的文化根基，發展缺乏思想支撐。
第三，高等院校生態文明教育內容體系不完整。與國外相比，我國的生態文明教育教學才剛剛起步，還停留在認識領域，還不完善，不成熟，特別是在高等院校生態文明教育還遠不能滿足社會的需要。據調查，就我國高校而言，還沒有形成具有相對獨立的生態文明教育學科體系和課程群。
第四，高等院校教育途徑與方法過於簡單。生態文明教育的目標不明確，教育模式還比較傳統，再教育的手段單一。高等院校開展生態文明教育存在的主要問題原因是多方面的。
主要是：各級領導對生態文明教育重視不夠；高等院校教學指導思路尚存在不足；高等院校生態文明教育體制建設好有待於加強等。
當前，加強高等院校生態文明教育措施主要是：
第一，加強生態文明道德思想教育。(1)著力培養大學生的生態文明道德觀。建設生態文明，必須把思想道德引入到人與自然的關係中，樹立起人對自然的道德義務感，養成良好的「崇尚自然、熱愛生態、關愛生物、善待生命」的道德情操。
只有大力培育大學生的生態文明道德意識，養成良好的生態道德品質，才能促進生態文明的發展。(2)教育學生樹立正確的生態價值觀。高校應該站在生態文明建設的制高點，依據當前生態問題危及人的生存和發展的實際，從大學生對生態文明認識轉變的思想實際出發，在大學生中全面開展生態文明教育，教育學生樹立正確的生態價值觀。
(3)要把生態文明教育納入高校德育教育的範疇形成制度化、規範化。在新的教育觀指導下，我們必須加入自然、生態、環境因素，重新構建大學生德育教育新內容，教育學生樹立生態安全觀、生態生產力觀、生態文明哲學觀、生態文明價值觀、綠色精神等。(4)構建新的道德體系。
道德是人類特有的現象，是人們共同生活的行為準則和規範。傳統道德的功能主要是調整人與人之間以及個人與社會之間的關係，維護社會的穩定與和諧。建設生態文明也包含著道德建設。
生態學教師在對學生進行生態文明教育時，應引導學生把愛護生態環境的行為要求提公升到道德的高度來認識。讓學生形成新的更加豐富和完善的道德體系，建立起對生態環境行為的善惡評價標準，自覺地持久地去克服非生態行為，養成良好的生態行為習慣。
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