一）權利、義務和責任相統一的原則
二）公開、公平、公正的原則
三）簡化程式、提高效率的原則
專案實施中，一方面要堅持法律法規規定的程式，保證專案實施的合法性，另一方面，由於專案實施的季節性較強，因而在實施中可以簡化一些程式，提高專案實施的效率，以適應專案季節性的特點。
1、按照辦法規定，國土資源部統一對專案實施進行監督管理；縣級以上地方國土資源管理部門負責本行政區域內專案實施監督管理。
2、專案實施組織主體
專案實施組織主體為專案承擔單位，負責組織專案實施的一切工作，並對專案建設履行專案法人責任，對投資方負責。
1、組織準備
2、專案承擔單位的準備工作
專案承擔單位對專案實施進行現場全程管理，並做好下列實施準備工作：
1）組織招標、裝置和材料採購等諮詢服務；
2）組織工程招投標，簽訂工程承包合同，委託工程監理；
3）編制專案年度實施方案、專案建設進度計畫和用款計畫；
4）組織編制施工設計圖；
5）建立工程工期、質量和資金使用管理等相關制度。
3、開工申請
專案承擔單位完成上述專案實施準備後，對專案實施情況進行總結，提出專案開工申請報告，經專案所在縣級國土資源管理部門審核同意後，專案開始施工。
申報開工申請報告應具備以下條件：
1）專案組織管理機構已經確立，制度健全，管理人員到位；
2）專案實施方案編制完備並通過分局核准；
3）專案施工監理單位已經選定；
4）專案施工單位已通過招投標方式選定，施工承包合同已經簽訂；
5）土地整理權屬調整方案已經明確，地方組織協調已經暢通。
4、專案公告
專案開工前，專案承擔單位必須在專案區設立固定公告牌，並通過相關鄉鎮、村宣傳欄、廣播、電視等形式，發布專案基本情況公告，接受群眾和社會監督。當涉及專案區土地權屬調整的，應在有關鄉鎮、村發布專案區土地權屬調整公告。當專案區涉及拆遷補償的，應在有關鄉鎮、村發布專案區拆遷補償公告。
專案基本情況公告內容包括：專案名稱、建設範圍、建設規模、新增耕地面積、專案總投資、主要建設工程、建設工期、土地權屬狀況、專案承擔單位、專案施工單位、專案工程監理單位、專案設計單位、****和公告時限等。公告時限不低於15天。
土地權屬調整公告的內容包括：權屬調整型別、原則、依據，需要調整的土地面積、位置、編號、用途、質量等級、調整前後土地權利主體，對權屬調整有異議者的陳述途徑和方法、公告時限等。公告時限不低於15天。
有關單位和個人對專案實施有異議的，專案承擔單位應負責解決；解決不了的，提請專案實施領導小組解決；屬於重大問題的，由縣級國土資源管理部門報上級國土資源管理部門研究解決。
一）專案參與主體的責任
1、專案承擔單位
工程開工後，專案承擔單位在施工過程中要建立現場辦公會制度，召集施工、工程監理、設計等單位協調解決施工過程中施工進度、工程質量、資金使用和專案規劃設計執行中出現的問題。
2、專案施工單位
3、專案監理單位
專案工程監理單位應當依照法律、法規以及有關技術標準、規劃設計和相關合同，代表專案承擔單位對工程質量實施監理，並承擔監理責任。
專案工程監理單位應當選派具備相應資格的監理人員進駐施工現場；應當按照工程監理規範的要求，對專案建設工程實施監督，控制工程建設的投資、建設工期和工程質量。
單體工程任務完成後，專案工程監理單位應當簽署意見。未經專案工程監理單位簽署合格意見的，專案承擔單位不得撥付工程款，專案施工單位不得進行下一道工序的施工。
4、專案設計單位
二）工程變更
在施工過程中，各有關單位要嚴格執行專案計畫與支出預算和規劃設計。確需變更規劃設計的，按以下情形處理：
1、不涉及專案建設位置、建設總規模、新增耕地面積和專案支出預算調整的，由專案承擔單位研究解決；
2、涉及專案建設位置、建設總規模、新增耕地面積或專案支出預算調整的，由專案承擔單位報原批准機關批准。
3、 因規劃設計變更，造成土地權屬重新調整的，應按規定對原權屬調整方案補充、說明，並報專案所在縣級國土資源管理部門確定。
一）專案承擔單位自檢
專案建設任務完成後，專案承擔單位按照合同規定，做好專案建設自檢工作。
專案建設自檢應當具備下列條件：
1）專案施工單位已提交交工報告、工程竣工圖、工程保修書；
2）專案工程監理單位已提交監理報告；
3）有完整的技術檔案和施工管理資料。
二）竣工驗收
1、竣工驗收申請
專案承擔單位應在專案自檢後乙個月之內向專案所在縣級國土資源管理部門提出專案竣工自查申請報告，準備有關材料，為專案竣工驗收做好準備。
2、竣工驗收標準、條件、內容、資料、程式
專案竣工驗收按照《國家投資土地開發整理專案竣工驗收暫行辦法》（國土資發 2003 21號）有關規定執行。詳細內容見第四節「土地開發整理專案竣工驗收」的敘述。
一）監督主體
專案實施監督主體為各級國土資源管理部門。同時專案建設接受社會監督。
二）監督內容
1、各級國土資源管理部門要建立監督檢查制度，對專案施工進度、工程質量、資金使用、廉政建設等情況進行監督檢查；研究解決專案實施中出現的重大問題。
2、 各級國土資源管理部門按照有關法規，對專案實施中的不正當行為予以糾正；對違法違紀的責任人進行查處；情節嚴重、構成犯罪的，移交司法機關依照有關法律追究刑事責任。
3、任何單位和個人對專案建設工程的質量事故、質量缺陷有權檢舉、控告、投訴。
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