計算機在生命科學
中的應用報告
對7種16srrna的綜合分析報告
前言： 多重序列比對是對三個以上的生物學序列，如蛋白質序列、dna序列或rna序列所作的序列比對。 通過多序列比對, 研究者可以挖掘出更多的保守區間與結構資訊，可以描述一組序列之間的相似性關係，以便了解乙個基因家族的基本特徵，尋找motif,保守區域；可以描述乙個同源基因之間的親緣關係遠近，然後進行分子進化的分析。
正文：本次分析的是7種16srrna的基因之間的關係，由給的資料可知這7種基因分別是：
1.變形鏈球菌mutans部分16srrna基因序列。（變異鏈球菌屬於細菌，厚壁菌門，乳桿菌目，鏈球菌科，鏈球菌）
2.運動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna基因序列。（運動發酵單胞菌屬於細菌，變形菌門，變形菌綱，鞘脂單胞菌目，鞘脂單胞菌科，發酵單胞菌屬）
3.霍亂弧菌區域性的16srrna基因序列 。（霍亂弧菌屬於細菌，變形菌門，變形菌綱，弧菌目，弧菌科，弧菌屬）
4.嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna基因序列。（嗜熱脂肪地芽孢桿菌屬於細菌，壁厚菌門，芽孢桿菌目，芽孢桿菌科，芽孢桿菌）
5.腸球菌區域性的16srrna基因序列。（腸球菌屬於細菌，壁厚菌門，乳桿菌目，腸球菌）
6.爪哇根結線蟲的部分16srrna 基因序列。（爪哇根結線蟲屬於真核生物界，後生動物們，線蟲綱，墊刃線蟲目，墊刃亞目，墊刃總科，根結科，根結亞科，根結線蟲屬）
7.硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna 基因序列。（硫磺礦硫化葉菌p2屬於古細菌，泉古菌門，熱變形菌綱，硫化葉菌目，好熱好酸菌科，硫化裂片菌屬）
前5種為細菌，第6種為真核生物，第7種為古細菌。
作圖如下：
圖一圖二（五個細菌多序列對比第一處保守）
圖三（五個細菌多序列對比第二處保守）
圖四（五個細菌多序列對比第三處保守）
圖五（細菌古細菌六個序列多序列對比第一處保守序列）
圖六（細菌古細菌六個序列多序列對比第二處保守序列）
圖七（細菌古細菌六個序列多序列對比第三處保守序列）
變形鏈球菌mutans部分16srrna二級結構圖
運動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna二級結構圖
霍亂弧菌區域性的16srrna二級結構圖
嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna二級結構圖
腸球菌區域性的16srrna二級結構圖
硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna 二級結構圖
第一處保守序列六種16srrna的二級結構圖
第一處保守序列變形鏈球菌mutans部分16srrna的二級結構圖
第一處保守序列運動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna的二級結構圖
第一處保守序列霍亂弧菌區域性的16srrna的二級結構圖
第一處保守序列嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna的二級結構圖
第一處保守序列腸球菌區域性的16srrna的二級結構圖
第一處保守序列硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna 的二級結構圖
分析：在此保守序列處，變形鏈球菌mutans部分16srrna、動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna、霍亂弧菌區域性的16srrna、腸球菌區域性的16srrna的二級結構相同，為三個發卡結構，嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna、硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna與以上各種16srrna的二級結構不同。
第二處保守序列六種16srrna的二級結構圖
第二處保守序列變形鏈球菌mutans部分16srrna的二級結構圖
第二處保守序列運動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna的二級結構圖
第二處保守序列霍亂弧菌區域性的16srrna的二級結構圖
第二處保守序列嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna的二級結構圖
第二處保守序列腸球菌區域性的16srrna的二級結構圖
第二處保守序列硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna 的二級結構圖
分析：在此保守序列處，變形鏈球菌mutans部分16srrna、動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna、霍亂弧菌區域性的16srrna、腸球菌區域性的16srrna、嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna、硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna1的二級結構相同。
第三處保守序列六種16srrna的二級結構圖
第三處保守序列變形鏈球菌mutans部分16srrna的二級結構圖
第三處保守序列運動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna的二級結構圖
第三處保守序列霍亂弧菌區域性的16srrna的二級結構圖
第三處保守序列嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna的二級結構圖
第三處保守序列腸球菌區域性的16srrna的二級結構圖
第三處保守序列硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna 的二級結構圖
分析：在此保守序列處，變形鏈球菌mutans部分16srrna、動發酵單胞菌subsp mobilis部分16srrna、霍亂弧菌區域性的16srrna、腸球菌區域性的16srrna、硫磺礦硫化葉菌p2的部分16srrna的二級結構相同，嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的 16srrna與以上各種16srrna的二級結構不同。說明嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna在此處發生了變異。
總結： 由圖一可以看出運動發酵單胞菌與霍亂弧菌、爪哇根結線蟲與硫磺礦硫化葉菌p2、.變形鏈球菌與腸球菌的親緣關係較近， 通過細菌5種16srrna的多序列對比，發現在5種16srrna的一級結構中，存在三處較保守的序列，分別為276…314序列、460…494序列、721…780序列，然後在三組保守序列處對各種16srrna的二級結構進行分析，，說明在這兩處嗜熱脂肪地芽孢桿菌區域性的16srrna發生了突變，導致結構發生了變化，這一點由圖一中嗜熱脂肪地芽孢桿菌與其他各菌的位置關係也可以看出。
通過細菌與古細菌六種16srna的多序列對比（由於爪哇根結線蟲的線粒體16srrna的功能喪失，在此未進行統一比對），發現在以上三處保守序列處相似度較高，由二級結構的對比發現，在第一處保守序列古細菌與細菌二級結構不同，說明古細菌在此處發生了突變，導致其二級結構發生了改變。
由上可以看出，在細菌與細菌，細菌與古細菌多序列比對中只有第二處保守序列六種16srna的二級結構相同，說明此處比另外兩處更加保守，是16srrna的保守區，又因為結構決定功能，則460…494序列為16srrna的保守序列，決定其功能。
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