1. 接通電源，開啟照明開關，將待檢菌落平板翻轉，底部朝上，放在燈光透射處，調節放大鏡到菌落看得最清楚後固定，探筆插入面板右上角孔插中。
2. 按以下步驟操作計數計算器，先按一下on/c鍵，顯示器上顯示「o」，再按一下「1」的數字鍵，顯示器顯示「1」，再按一下「+」號鍵，此時顯示器顯示「1」，再按一下「=」號鍵，顯示器仍顯示「1」，再按一下「o」字鍵，此時顯示器顯示「o」，這時即可用探筆在菌落平板上進行累加計數。
3. 在計數時，將探筆在平板上碰觸一下，計數器即計乙個數，與此同時探筆在平板上點上乙個色點，表示此菌落已被數過，以後每碰觸一次，探筆點乙個色點，計數器即累加乙個數，直到所有的菌落都被點上色點，顯示器中顯示的讀數即為該平板的菌落數。
4. 在計完某平板菌落數後，如需再計其它平板的菌落數，可繼續直接累加，待總的平板都數完後除以平板數即是平均數。也可使用儲存鍵求平均數，在數完乙個平板後，按一下m±鍵顯示器上角顯示「mem」表示此數已被存入，再按一下「o」字鍵，顯示器上角顯板「mem」，右邊顯示「o」，即可繼續計數。
當數完第二個平板後，重複上述操作，能把每次的數均儲存進去，待數完最後乙個平板後，將計數器按一下m±，再按一下「mrc」，顯示器上即顯示所數平板菌落的總數，除以平板數，即得平均數，再按二下「mrc」儲存解除，重複「2」條操作，又可重新進行另外平板菌落的累加計數。
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