硝化菌的培養並非一蹴可幾，最需要的是時間的等待，讓其順利在您缸中慢慢建立，並且穩定下來。所以在其建立之前，任何過量的魚只排洩物或是殘餌，都一樣會因為硝化菌數量不足，無法完全分解而殘害缸中的生物。一般建議，設缸前的八周內不要放魚，時間過後，可試著放入一條小魚，或是乙個蛤讓其在缸中生長，不過此段時間餵食也盡量少，如果此時有水質測試劑可以測試最好，看亞硝酸鹽是否為零 ，如果為零則表示硝化菌已經將具有毒性的亞硝酸鹽給分解了。
若是沒有測試劑則可以靜觀其生長，如生長相當順利，則慢慢的可以新增魚只進去 ，逐步培養健全的硝化菌；但是如果蛤或小魚死亡請不要放魚，這代表缸中的硝化系統尚未建立完全，連蛤或小魚的排洩物都無法分解，更不用說是其他大量的觀賞魚了。蛤、小魚死亡後也不用將其撈出，任其腐爛藉以繼續培養硝化菌。此時的硝化菌在缸中，因為有足夠的氧氣以及廢物供其分解，理論上會成長到一定的數量，這需要視您提供的濾材表面積的大小來決定，如果您能提供相當大面積的濾材讓硝化菌附著，則應該可以培養相對多數的硝化菌來為您工作。
養魚如果能以足夠的大面積來培養硝化菌，理論上所能負載的廢物處理量也會更多， 也就是過濾面積越大的缸子，理論上能在同一空間裡飼養較多的魚，或者能夠使缸中的水質狀況更穩定。
那厭氧菌該如何培養呢？
厭氧菌的功能在於將硝酸鹽經過脫氮作用分解成氮氣散失在空氣中，讓水中的藻類不至於利用過多的硝酸鹽生長。其實，如果不培養厭氧菌，而利用增加換水的次數降低硝酸鹽濃度是一般人常用的方法。厭氧菌之所以稱為＂厭氧＂，在於其喜歡生長在氧氣濃度低的地方，所以在過濾器方面，如果選用圓桶過濾器，其所能培養的厭氧菌理論上會大於滴流式的上部過濾器，不過滴流式的上部過濾器，其能培養大量的硝化菌則是讓圓筒過濾器較難與其媲美的。
厭氧菌的食物為碳水化合物以及醣類，所以部分玩家會自製＂硝酸鹽化除器＂，理論上是用乙個密閉的空罐，裝上水管與魚缸相通，在罐子中放著讓厭氧菌附著的濾材，一段時間後會滴進去幾滴的＂黑糖水＂當作厭氧菌的食物，據實驗證明，效果還不錯，能夠有效降低缸中的硝酸鹽濃度。
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