一、簡單說，就一句話，事業單位會計制度執行的還是收付實現制和沿用前蘇聯的會計理念（計畫經濟的產物），也就是我國93年會計制度第一次改革前的方法；企業會計制度經過93年和01年兩次大的變革以及會計準則的實施，已經基本和國際接軌。二、詳細點說，事業單位會計科目設定與核算思想與企業有較大差異。例如：
1、事業單位會計科目設定有許多**科目，如固定**、事業**、專用**、周轉金等，而企業會計制度沒有。
2、事業單位會計分類與企業不同，事業單位支出類分為事業支出、經營支出、對所屬單位補助支出、上繳上級支出和其他支出；成本類分為科研成本、技術成本、其他業務成本、生產經營成本；收入也是財政補助收入、上級補助收入、事業收入、經營收入、附屬單位上繳收入、其他收入等；而企業單位總稱主營業務收入、其他業務收入，成本總稱為主營業務成本和其他業務成本，以及製造費用、生產成本等，沒有事業單位那麼複雜。
3、事業單位有些會計核算與企業不同，如，專項撥款，都在該專案下進行收入與支出的核算，只有等專案完成後才上交或結轉權益類賬戶；而企業完全是成本核算方法，收支兩條線界定清晰。
4、事業單位與企業雖同是借貸記賬法，但記賬方法有所不同，有些專案需要同時記錄**增加，如固定資產購買分錄：借：科研成本貸：銀行存款同時，借：固定資產貸：固定**
5、事業單位與企業會計思路的區別，如，所有者權益，事業單位稱為淨資產，主要有固定資產**、周轉金、事業**（一般**和投資**）、專用**；企業權益類是實收資本、資本公積、盈餘公積、未分配利潤等。
目前我國事業單位仍執行《事業單位會計制度》（97版），但許多事業單位，尤其是經營型事業單位在上報事業單位會計報表的同時，也上報企業會計報表，正在逐步接軌，以適應市場經濟的需要。
新事業單位會計制度對事業單位會計核算的影響
新事業單位會計制度對事業單位會計核算的影響作者 吳淑豔 新智慧型 中旬刊 2017年第10期 摘要 事業單位是國家發展過程中的重要組成部分，其涉及的範圍也比較廣，其在經營的過程中不是以盈利為目的，但是也需要制定完善的管理制度。財務會計管理制度在事業單位的管理工作中有著非常重要的作用，其可以實現對事業...
新會計制度與事業單位會計改革
作者 李亞黎 今日財富 2016年第17期 在我國，事業單位是經濟以及社會管理中的重要部分，在經濟體制的深入改革背景下，事業單位中會計工作的環境產生了整體性的變化。新會計制度的頒布以及實施，促使我國事業單位中的會計工作面臨著相應的改革，而當前會計工作中還存在著許多不足之處，對快及改革工作造成了一定的...
事業單位會計的控制管理
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