提不出質粒的原因

2023-01-14 20:51:02 字數 1909 閱讀 1301

做菌液pcr時,有需要的目的條帶。但是提質粒時,卻什麼都提不出來,請問各位大俠是什麼原因?

有的時候可能是假陽性。但是質粒有抗性才能在抗性平板上生長的啊:rol:

這個可能性太多了呀,甚至有可能是你操作上出問題,比如速度太高導致濾膜破損什麼的,不太好說

先讓別的實驗室的朋友用他們的試劑盒幫你提一下看看是不是菌液問題

未提出質粒或質粒得率較低有很多種情況,你可以稍微看下 :

△ 大腸桿菌老化

請塗佈平板培養後,重新挑選新菌落進行液體培養。

△ 質粒拷貝數低

由於低使用低拷貝數載體引起的質粒dna提取量低,可更換具有相同功能的高拷

貝數載體。

△ 菌體中無質粒

有些質粒本身不能在某些菌種中穩定存在,經多次轉接後有可能造成質粒丟失。

例如,柯斯質粒在大腸桿菌中長期儲存不穩定,因此不要頻繁轉接,每次接種時

應接種單菌落。另外,檢查篩選用抗生素使用濃度是否正確。

△ 鹼裂解不充分

使用過多菌體培養液,會導致菌體裂解不充分,可減少菌體用量或增加溶液p1、p2和p3的用量。對低拷貝數質粒,提取時,可加倍使用溶液p1、p2和p3,可能

有助於增加質粒提取量和質粒質量。

△ 溶液使用不當

溶液p2、p3在溫度較低時可能出現渾濁,應置於37℃保溫片刻直至溶解為清亮的溶液,才能使用。

△ 吸附柱過載

不同產品中吸附柱吸附能力不同,如果需要提取的質粒量很大,請分多次提取。若用富集培養基,例如tb 或2×yt,菌液體積必須減少;若質粒或宿主菌是非常高的拷貝數或生長率,則需調整lb培養液體積。

△ 質粒未全部溶解(尤其質粒較大時)

洗脫溶解質粒時,可適當加溫或延長溶解時間。

△ 乙醇殘留

漂洗液洗滌後應離心盡量去除殘留液體,樹脂型試劑盒漂洗後應晾乾樹脂,再加入洗脫緩衝液。

△ 洗脫液加入位置不正確

洗脫液應加在矽膠膜中心部位以確保洗脫液會完全覆蓋矽膠膜的表面達到最大洗脫效率。

△ 洗脫液不合適

dna只在低鹽溶液中才能被洗脫,如洗脫緩衝液eb (10 mm tris?cl, ph 8.5)

或水。洗脫效率取決於ph值。最大洗脫效率在ph7.0-8.5間。當用水洗脫時確保

其ph值在此範圍內,如果ph過低可能導致洗脫量低。洗脫時將滅菌蒸餾水或洗脫緩衝液加熱至60℃後使用有利於提高洗脫效率。

△ 洗脫體積太小

洗脫體積對**率有一定影響。隨著洗脫體積的增大**率增高,但產品濃度降低。為了得到較高的**率可以增大洗脫體積。

△ 洗脫時間過短

洗脫時間對**率也會有一定影響。洗脫時放置一分鐘可達到較好的效果。

■ 質粒純度不高:

△ 混有蛋白

不要使用過多菌體。溶液p1、p2、p3處理並離心後溶液應為澄清的,如果還混有微小蛋白懸浮物,可再次離心去除後再進行下一步驟。

△ 混有rna

rnase a處理不徹底,請減少菌體用量或加入溶液p3之後室溫放置一段時間。如

果溶液p1已儲存6個月以上,請在溶液p1中新增rnase a。

△ 混有基因組dna

加入溶液p2和p3後應溫和混勻,如果劇烈振盪,可能把基因組dna剪下成碎片從

而混雜在質粒中。如果加入溶液p2後過於粘稠,無法溫和混勻,請減少菌體用

量。細菌培養時間過長會導致細胞和dna的降解,不要超過16 小時。

△ p3溶液加入時間過長

p3溶液加入後,放置時間不要太長,否則有可能會產生小片段dna汙染。

△ 含大量核酸酶的宿主菌

宿主菌含大量核酸酶,在質粒提取過程中降解質粒dna,影響提取質粒dna的完整性,最好選用不含核酸酶的大腸桿菌宿主菌,如dh5α和top10。

△ 裂解時間過長

加入溶液p2後裂解時間不應超過5分鐘。

△ 質粒的二聚體和多聚體形式

質粒複製過程中形成的,與宿主菌相關,電泳可檢測出。

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