對肺炎雙球菌轉化實驗的教學中曾有過一些的疑問，特別是在反覆備課、做習題、上論壇討論時感受到的疑問現有三個。
1、為什麼格里菲思要做第四組實驗？
已知道格里菲思要求證的是肺炎雙球菌是如何使人感染肺炎的，而以前我的思路是，肺炎雙球菌有兩種，格里菲思只要證明何種使人患肺炎即可，也就是做完前三組實驗可以得出，活的s型菌使人患肺炎。然而他的實驗卻多做了乙個第四組。我曾也想過兩種可能，一是混合思維，是否他特意將兩者沒有毒性的東西混在一起看1+1是否大於2？
二是他想看看r型菌能否變為s型菌？
而今早在一篇部落格的文中我才知道，原來s型菌與r型菌有關係，他們的關係是s型菌是野生型，而r型菌是s型菌的突變型，突變型的r型菌由於缺少了莢膜，所以無法使小鼠患病。
所以為什麼格里菲思要做第四組實驗的原因是，s型菌能突變成r型菌，那麼r型菌能否變成s型菌呢？有什麼辦法能讓r型菌變回s型菌呢？
2、在第四組實驗中，小鼠體內能否分離出r型菌？
這個問題在論壇上曾有一題得到了許多老師的參與討論，我所支援的觀點是，不能，原因是r型菌無莢膜，被免疫殺死而不能在體內存活，只有s型菌才能在體內存活。
現在從r型菌是突變型的觀點來看，野生的就只有s型菌，而r型菌只是在實驗室的培養基培養時發現的，這點我原來有個疑問，如果有r型這種菌，那麼在平時它們是怎樣生活的呢？現在明白r型菌的存在場所和由來就晃然大悟了。
3、有一種說法，肺炎雙球菌實驗只能證明dna是遺傳物質，而不能證明蛋白質不是遺傳物質。這種說法在練習中遇過，而且即使是同一本同一頁的資料中的題目都會互相矛盾。
而且解釋也很怪，說是艾弗里的實驗中並不能證明多醣、蛋白質等能否進入細胞內。所以不能證明蛋白質不是遺傳物質？
我打個比方，現任的美國**是歐巴馬。這句話目前當然是成立的，但如果有些人改為，這句話證明著，歐巴馬是美國的現任**，但卻不能證明我（你我他123）不是美國的現任**，因為無法證明我能不能進入美國。
我認為艾弗里證明了dna是轉化因子也就是證明了dna是遺傳物質，這句同時有蛋白質等實驗做對比，因而能肯定地說：蛋白質等不是遺傳物質。
或者是說在肺炎雙球菌中dna是遺傳物質而其他的物質不是。
以上的三個疑問，特別是第2和第3個疑問早已爭議多時，或許我的解釋還不夠權威，或許我沒去權威雜誌發表，總之盼望有權威之士加以定論！