1、石英砂墊層亂層
交換器底部選用石英砂墊層時，因反洗操作不當或積汙，會造成石英砂層結塊;若反洗水從區域性衝出則會造成石英砂墊層亂層。
石英砂墊層下面的穹型多孔板的中心，應不開孔，以避免底部進水流速過高衝亂石英砂層。如果穹型板是全部開孔的，可以在穹型多孔板下面加裝擋板，但是，不可使用縫隙式噴水頭或多孔式花籃，因為它們的出水流速太高，距穹型板又近，仍然會使水流集中於區域性小孔噴出，衝亂石英砂層。
石英砂墊層應嚴格按照級配逐層鋪墊，每層的厚度必須均勻。在裝入樹脂前，可以進行反洗試驗，要求在流速達到40-60m/h時，石英砂墊層不亂層，不移動。
2、中間排液裝置的損壞
逆流再生離子交換器的中排裝置損壞是常見的故障。中排裝置損壞的根本原因是，在樹脂層中有氣泡或幹層的情況下，反洗進水流速過高，樹脂層尚未散開，樹脂的流動性差，夾在幹樹脂層中的中間排液裝置被向上托起而造成的。在執行中因樹脂幹層收縮，也會造成中排支管的向下彎曲。
在陽床的執行中，樹脂層內出現氣泡是因為陽床用進口閥門調節流量，交換器在低壓(0.1-0.2mpa)下執行，經交換反應生成的碳酸變為游離的co2析出，積聚在樹脂層內。
防止co2析出的方法是保持交換器在0.4-0.6mpa壓力下執行。
此外，如果水幫浦軸封漏氣，也會使空氣隨水流進入交換器，積在樹脂層中。特別應該指出的是裝置長期停用或因閥門漏水造成樹脂幹層時，進水速度一定要緩慢(2-3m/h)，使樹脂層中的氣泡能慢慢逸出，不得將幹樹脂層托起。
中間排液裝置必須牢固地固定在專用的支架上，為防止中排裝置的損壞，國外曾將支管從圓形改為橢圓形(或燈泡形狀)，以減緩反洗時造成的衝擊。也可將母管露置在樹脂層上部50mm處，其支管或水帽插入樹脂層中需要的高度，以減少樹脂層脹縮時對中排裝置的衝擊。開始反洗時，流量應小，待樹脂層內氣泡被排出，樹脂開始浮動後，再加大反洗流量。
中排裝置應用不鏽鋼製成，加工製造及焊接應牢固可靠。體內再生的混床，其中排裝置的損壞也是常見的，高流速的混床更為嚴重。其防止措施與逆流再生交換器相同。
3、頂部裝置的損壞
一般下向流執行的交換器(如順流再生裝置、逆流再生裝置等)，其頂部裝置比較簡單，很少損壞。上向流執行的交換器(如浮床、雙室浮床等)，執行時容易造成損壞。浮床的頂部裝置過去曾使用過母支管式、法蘭夾多孔板式、弧形支管式以及體外母管外插式等，經過多年的研究和試驗，證明使用孔板水帽式和弧形支管式效果較好。
交換器頂部裝置損壞的主要原因是樹脂層頂部幹層，底部進水流速高時，樹脂層象活塞一樣壓向頂部裝置造成損壞。防止損壞的方法是先用小流量水流充滿樹脂層，再加大水的流量。
另外一種損壞交換器頂部裝置的原因是，採用弱型樹脂的浮床，在裝填新樹脂時，未考慮足夠的可逆轉型和不可逆膨脹的空間，樹脂膨脹時會損壞交換器的頂部裝置。
4、防腐塗層脫落問題
離子交換器內的防腐塗層，普遍採用橡膠襯裡，其耐蝕性能良好。在正常的使用條件下，壽命可達10-15年，不會脫落。但是，使用環氧樹脂塗料或玻璃鋼襯裡的水處理裝置，時常會發生塗層脫落。
塗層脫落後，酸、鹼性很強的介質會對裝置(鋼製或混凝土制)造成嚴重腐蝕，同時，其腐蝕產物還會嚴重汙染樹脂和出水水質。脫落的大片的環氧樹脂塗層或玻璃鋼還有可能覆蓋在布水裝置上，造成水流和再生液的偏流，使交換器不能正常執行。
發現塗層脫落時，應及時對裝置進行檢修，將塗層脫落部分打磨、清洗乾淨，重新塗敷防腐塗層。
離子交換樹脂綜合知識
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