因此高校科研經費管理普遍存在有效性差的問題，探索科研經費管理的途徑與辦法已成為提高科研水平，保證科研成果質量的關鍵所在。只有加強科研經費管理，才能合理分配使用、充分發揮現有科研經費的效益。
二、影響高校科研經費管理的因素
高校科研經費管理有效性的影響因素是多種多樣的，想要有效管理科研經費，需要從以下幾方面進行改進。
(一)編制科學、合理的預算管理制度
高校科研經費的預算管理工作，應由科研管理部門、財務管理部門、課題負責人三方共同協作編制更為科學合理。科研管理部門應該制定統一的科研經費預算管理制度，制定合理的、可操作的預算程式，以及科研計畫預算編製辦法和說明，對科研經費預算的編制原則、編制要求、編制規程提出具體的要求，提高預算的可執行度。對科研人員來說，科研經費預算的編制，應堅持實事求是的原則。
具體經費預算依據科研專案申報書中規定的研究任務進行。編制預算要對整個課題研究過程中可能發生的所有費用，包括直接費用和間接費用進行預算，按照全額成本支出原則，並且將上報的經費預算在學校財務、科研管理部門備案。對財務部門及財會人員而言，應盡早介入科研專案，及時提供財會服務及進行財會監督，使科研人員及時獲得財務資訊的支援，編制更科學合理的預算。
(二)建立和完善全額成本核算制度，規範科研經費的使用
根據教財[2005]11號檔案指出的，「專案管理費、人員經費、業務費等支出是科研經費支出的合理組成部分，各高校應通過逐步建立和完善全額成本核算制度，確定專案管理費、人員經費、業務費等支出的合理水平」。為了控制具體科研專案的支出金額，在使用科研經費的過程中，財務部門在建賬時，應依據專案預算書中的各類明細支出專案增設相應的明細科目，設定每項明細科目的預算限額。在經費支出的的實際操作、核算過程中，嚴格執行預算限額制度，對符合規定的且在預算限額內的票據予以正常報銷，超出預算限額的支出，就不予以報賬。
這樣專案負責人就能在前期更加詳細地對經費專案支出進行合理估計，有效地避免經費的預算內容與實際開支相脫離，增強了預算編製的準確性、科學性。
在縱向課題經費開支上，科技部門、財務部門應嚴格規定科研經費的開支範圍與開支標準，人員經費、管理費、協作研究費，對這三項經費預算比例不能隨意調整;人員費不能用於人員獎勵，應根據國家相關標準和研究人員的工作量，在批覆的預算內據實支出;專案管理費用應在專案管理人員費用和其他規定的行政管理支出;專案中使用學校的現有儀器裝置和房屋的使用費或折舊費等，應按照財務制度規定合理的分攤計入課題成本。
在橫向課題經費開支上，應建立兼顧學校、院系和科研人員個人利益的收入分配激勵機制，以充分調動科研人員的積極性。財務部門要按科研收入的一定比例彌補科研活動中消耗的使用學校教學裝置耗用的直接材料、直接人工、儀器裝置和房屋的使用費或折舊費等。並在專案結題後進行財務分析，使科研經費發揮更大的經濟效益。
(三)建立、健全科研經費使用的內部審計制度
1.加強內控制度審計，促使科研經費依法管理。首先要做好科研經費內部管理制度建設情況的審計，看是否包含針對當前科研經費管理和使用當中存在問題的相關解決原則和制度。
結合學校實際，建立和完善本校的科研經費管理辦法，使學校科研經費的管理更加科學化、規範化、系統化。
2.做好科研經費使用合規性審計，規範經費使用行為。科研經費的管理認真做好科研經費使用合規性審計，加大科研經費財務管理的約束力度，嚴格控制經費的開支範圍與標準，有利於防止濫用科研經費違反財經紀律的行為。
科研經費使用合規性審計重點有：學校財務部門是否統一管理科研經費，杜絕科研經費脫離學校監管形成經費使用體外迴圈等現象;經費報銷是否符合規定，票據是否合法真實，簽字是否齊全;各項支出是否嚴格按合同要求，專款專用;專案管理費、勞務費、人員經費開支是否超出規定比例開支;是否有結題不結賬，結題後仍長期掛賬報銷科研經費等變相截留科研經費的違反財經紀律現象。通過一系列措施規範科研經費使用行為，提高科研經費使用效益。
科研經費使用與管理辦法
十 經批准的其他專項費用 與專案研究 開發直接有關的其支出 專案研究購置超過學院固定資產額的裝置，產權歸學院所有，納入學院固定資產管理。學院資助的科研專案經費原則上不列支裝置費，開展研究工作確需購置儀器裝置的，經專案負責人所在部門 科研處同意，經院領導批准後按裝置購置審批手續辦理，所購買的儀器裝置納...
科研經費管理使用存在的問題及對策
摘要 由於國家落實了開發西部的工作，此時 以及各個地方對於該地區投入的資金不斷的增加，專項資金支出規模不斷擴大。以寧夏為例，從2003 2007年寧夏財政科技投入的絕對量由2002年的1.37億元增至2007年的4.79億元累計投入13.01億元，年均增長率28.45 此類資金的管控狀態不僅僅是國家...
教科研經費保障制度
大劉中心小學 為保障校本培訓及教科研工作正常有序地開展,經學校辦公會研究，制定 校本培訓及教科研經費保障制度 拿出專項資金,實行校本培訓專款專用,給予經費保障.一,經費投入 1,凡經批准的校本培訓及教科研經費由學校實行專款專用.2,培訓經費開支範圍 1 影印,翻印,列印等費用 文具費等.2 校內各項...