事實上，申請書設計的格式（撰寫提綱）就是提供了這樣的形式，讓申請者能夠圍繞自己提出的科學問題和新思路，給出清晰、明確、充分、有說服力的論證。科學問題和思路體現申請者的思維、想象力和洞察力，論證則體現申請者的邏輯推斷、展開和分析能力。在申請書中，這些內容是通過立項依據、研究內容和目標、擬採取的研究方案及可行性分析等的具體敘述來體現的。
要想使申請的專案有競爭力，申請者需要下大氣力對上述幾個方面進行充分細緻的準備。這裡需要注意的有兩點：第一，自己確實有想法和好的思路；第二，要善於把自己的想法和思路清晰、準確地表達出來。
兩者缺一不可。專案特色或創新之處（即創新點）實際上是點睛之筆，是想象力、洞察力和邏輯思考的必然結果。
專案的論證開始於題目。題目不是簡單地給專案取個好聽或者好看的名字，而是能否透過現象看本質，通過凝鍊而抽象出乙個到位的科學問題，使同行能夠確切體會到申請專案要解決的問題。例如，從材料科學的角度來看，「鎂合金的組織結構與效能研究」就不是乙個好題目。
再比如，「金屬配位氫化物儲氫材料中基礎科學問題的研究」也不是乙個好題目。改善的辦法是，首先申請者得清楚自己究竟要研究乙個什麼樣的具體問題。第乙個題目太泛，所以顯得空洞、不具體，科學問題不明確。
應該圍繞實際要研究的內容，給出關於組織結構的特定演化路徑對效能產生作用的微觀機理。第二個題目的範圍就更大了，無法判斷所申請的專案具體要解決什麼科學問題。再譬如，「金屬配位化合物抗癌藥物和腫瘤顯像藥物研究」也不能算理想的題目，如果是「抗癌及顯像雙功能金屬配合物研究」就好一些，更可取的是「抗癌及顯像雙功能金屬配合物的結構特性」。
摘要部分應該看作是展現申請專案特色的地方。因為有的字數限制，要千錘百鍊、言簡意賅，充分利用好這裡的空間，不要浪費文字資源，把申請書的精華所在表達出來，把問題的來龍去脈表達出來。比較好的摘要應該能使同行更好地了解申請專案的進一步資訊，提供比題目更豐富和細緻的內容，可以結合專案特色和創新之處，進行概括性敘述。
立項依據的撰寫應該注意，不要把它寫成對於領域的學術價值和重要性的論證，或者是國內外同行工作歷史和現狀的簡單羅列。而是應該以自己提出的問題和思路為主線展開論述。
立項依據是整個專案的立論基礎，需要明確表達出自己要做什麼和怎麼做，有什麼理由和道理做這個和這樣做，緊緊圍繞凝練的科學問題和提出的針對性、自己的學術思路，結合本領域他人的工作，展開分析和論證，由此體現課題的研究價值。簡單說來，就是千方百計地把擬開展的研究和要探索的科學問題、思路等方面的道理說深講透。這需要嚴謹的邏輯發展過程和縝密的連貫而流暢的敘述。
還要注意敘述中的銜接和轉承。這個過程很像和面，一定要把面揉透，才有可能蒸出好吃的上等饅頭。
這裡特別需要注意避免「三段體」式的論證，即第一部分描述領域的國際熱點，接下來自然歸納出這方面的研究有意義，最後，自己也準備開展相關研究。另一種三段體的表現形式為先從各個方面敘述研究的大背景和意義，然後給出或者羅列國內外研究現狀，最後用幾句話說明自己擬開展的研究內容。這種形式的立項依據撰寫有一定的代表性，但是由於沒有充分闡述自己對具體乙個科學問題的理解和提出新的想法及有針對性地進行相關論證，使申請專案的價值打了很大折扣，因為同行儘管看到申請者了解了很多資訊，但申請者本人的思路並不明確和清晰。
其實，領域前沿也罷、領域熱點也罷，都不代表乙個具體專案的研究價值。專案的研究價值應該是申請者自己提出的問題和另闢蹊徑的理解思路。
論證過程還須注意避免文不對題或離題太遠，以及論證敘述展開層次和脈絡。注意直接相關文獻的充分占有和展現。別人的工作要鑽研和理解透徹，不要留下死角。
通過文獻和其他形式的交流和討論，真正理解他人工作的實質究竟在**，這樣才不至於犯不求甚解的毛病，也才能真正做到視野開闊，找到特別的角度，才能真正做到獨到和新穎。另外，應客觀評述別人的工作，自己的觀點也不要絕對化。
論證要圍繞主線展開。如果選擇金屬間化合物的塑性問題展開研究，就需要給出自己對塑性問題的理解和認識，以什麼樣的思路去研究它，並給予令人信服的論證和說理。再譬如，如果研究抗癌及顯像雙功能金屬配合物的結構特徵，敘述過程就不能離開這條線，在邏輯上密切相關，要始終圍繞結構特徵這個科學問題，通過翔實有力的分析，講清楚自己的思路和想法、與以往別人的工作有何不同、新穎之處在**，唯此，才能使論證令人信服和有說服力。
把握好每乙個環節
專案的研究內容。應著重考慮由科學問題延伸出來的最相關要素和本質關聯作用、規律，需要重點突出，有足夠的深度空間可以挖掘。引申出來的研究內容，與科學問題之間可能是涵蓋式的，即科學問題覆蓋的範圍內需要揭示的客觀規律，兩者的關係也可能是綱舉目張式的……不管是哪種形式，需要申請者注意的是，不要羅列太多的研究內容，3～5個方面的內容應該足夠了，關鍵是內容涉及的深度；也不要泛泛地講述盡人皆知的一般規律性研究，一定要突出特色角度和考慮，才能引人入勝。
研究目標。應該明確、簡潔，突出專案的科學性和學術性。科學**的目標不是追求具體做一件什麼事情，而是在做這件事情的過程中，以特定的思路去達到預期的目的。
應該從科學問題和研究內容出發，借助一定的手段，實現擬探索的最終目標。避免目標和內容相混淆和相似。歸納、凝練好的目標應該是專案的科學指向，或者是階段性驛站。
擬解決的關鍵問題。指專案的關鍵、難點之所在，問題得到解決之後，專案就可以順利開展下去，而不至於卡殼。所以，需要在隨後的研究方案部分給出解決關鍵問題的方案和對方案思路的可行性分析。
研究方案及可行性分析。應避免一般化，要有自己的特色，採取的方案能夠確保內容的完成和目標的實現。同樣的實驗手段，在解決不同的問題，研究不同的內容，甚至不同工作深度都會對方案的思路提出不同的要求，申請者應該對方案中涉及的具體方法、技術路線等給出有針對性的考慮和構思，並給出可行性分析。
這裡的可行性分析，重點應放在方案的思路上進行，而不是人員和裝置條件。
專案的特色和創新之處。也就是創新點。指有別於他人的學術思想或思路。
可能是技術和方法層面上的，最好是一種思路上的新理解，以獨特的角度看舊的問題，或者提出新問題，避免羅列似是而非的東西。創新的程度取決於自己的想象力能否比別人走得更遠。
年度研究計畫。應該盡量具體一些，主要體現專案的研究進度和工作安排，應該結合研究方案，再加上時間安排，就能產生很好的年度研究計畫。「一年一句話」式的表述不應該稱作研究計畫，只能算作計畫綱要。
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