如果申請人希望克服因檢索報告中所列現有技術及國際檢索單位書面意見中所下結論帶來的障礙，則可以利用國際初步審查程式，向初步審查單位提出初審要求，提交相應的意見陳述和（或）修改，同時繳納相應的費用（參見pct細則57和58條）。或者，申請人可向國際局提交非正式意見陳述來作為對書面意見的答覆但不會被公布，非正式意見陳述也不會被傳送給國際檢索單位和國際初審單位，如果申請人在提出初審要求時希望初審單位考慮他之前提交的「非正式意見陳述」，申請人應當重新向國際初審單位提交該意見陳述。在沒有提出初審要求的情況下非正式意見陳述會傳送給相應的指定局（dos）。
提交初審要求的期限是自國際檢索單位傳送國際檢索報告和書面意見之日(或涉及條約第17(2)（a）的宣布)起三個月，或者自國際申請的優先權日起22個月，以後到期為準。提出初審要求時，申請人可對檢索單位的書面意見正式答覆，同時還可根據pct條約34（2）（b）對申請的說明書、權利要求書和(或)附圖提出修改。
提出國際初步審查要求後，國際初審單位的審查員將作出國際初步審查報告（iper）（即「專利性國際初審報告」(pct條約第ii章)（iprp chapter ii）），該審查報告將由國際局**給選定局（eos）。
因而對於每一件申請，都應當考慮是否需要提出初審要求。首要考慮的因素是：提出初審要求所花費的時間和費用是否能夠產生令申請人滿意的結果。
提出國際初審要求應當繳納兩項費用：即初步審查費和手續費。此外還需加上申請人或**人為準備意見陳述和修改檔案所付出的勞動，所以申請人應當權衡一下付出的成本和該程式所能獲得的結果，再決定是否提出國際初審要求。
下面將針對申請人收到的書面意見的不同情形，給出是否需要提出國際初審要求的建議。
(1)申請人收到的國際檢索單位書面意見指出該申請所有的權利要求都具備新穎性、創造性和工業實用性，且審查員沒有指出任何形式缺陷和其他問題。
在這種情況中，國際檢索單位的審查員既沒有發現影響該申請新穎性、創造性或者工業實用性的現有技術，又沒有發現任何形式缺陷。國際檢索單位的書面意見對各方面的評價均為「肯定」的，最後的專利性國際初步報告(iprp第i章)將指出申請滿足了專利性的三個普遍接受的標準。除非一些特殊情況，例如申請人需要修改申請檔案中的一部分或者更多的內容，否則提初審要求的意義並不大。
對於僅有的少數國家仍然延續了提出國際初步審查才能夠將進入國家階段的期限延長到30個月的規定，但是這些國家又屬於地區專利體系的範圍，即不管是否提出國際初審要求進入國家階段的最後期限都可以是30個月。實際上，如果申請人提出初審要求時沒有提交意見陳述或修改檔案，通常情況下，國際初審單位會把國際檢索單位的書面意見作為專利性國際初步審查報告。
(2)申請人收到的國際檢索單位書面意見上表明該申請所有的權利要求都具備新穎性，創造性和工業實用性，但審查員指出申請中存在乙個或多個形式缺陷。
在這種情況下，申請人需要先考慮以下兩個問題再決定是否提出初審要求
(a)是否該形式缺陷也將會被即將進入國家階段的國家局所要求進行修改；
(b)在pct條約第ii章規定的國際初審階段提出改正還是在進入國家階段時提出改正更節省費用、更具有實施的可行性。
上述問題的答案取決於形式缺陷的性質和即將進入哪些國家的國家階段。在大多數情況下，進入國家階段時提出的初步修改比根據pct條約第ii章國際初步審查階段提出的修改能更好地改正形式缺陷，特別是在大多數國家基於翻譯文字而不是國際申請原始提交所用語言的文字進行審查的情況下。然而，不同的案例應當視具體情況而定，某些情況下，在國際階段比在國家階段進入到指定局之前改正相應的缺陷對申請人來說更有益，因為在某些國家的國家階段，解決這些問題可能會更麻煩，因而在進入國家階段之時提交乙份「整潔」的報告會更有利於申請人。
所以在這種情況下，即使在整個程式中增加了一些費用，也是值得的。
審查員在國際檢索單位書面意見中會給出關於國際申請的新穎性、創造性和工業實用性的意見，無論是實體內容的還是形式上的對專利性不利的評述在進入國家階段啟動審查前都應該得到處理。在專利申請過程中，從某種意義上講，申請人需要通過修改和意見陳述答覆國際檢索單位書面意見中的每乙個負面評述。在國際階段，專利合作條約第ii章程式給予申請人一次進行答覆的機會。
對國際檢索單位書面意見中包含負面評價的情況，為了節省申請人/**人的時間和適當的**費，在這種情況下，申請人有充分的理由選擇進行專利合作條約第ii章的程式，而不需要分別向每個國家局提交針對國際檢索單位書面意見的修改和意見陳述。在(3)(4)(5)中我們將討論對申請人相對不利的情形：
(3)申請人收到的國際檢索單位書面意見中審查員指出該申請中一項或多項權利要求缺乏新穎性，創造性或者工業實用性。
如上所述，即申請人要面對一項或者多項權利要求不能滿足pct條約33條規定的可獲得專利性的基本要求。如果檢索報告中引用的文獻適用於國家法並且國家階段的審查員認同國際檢索單位書面意見的結論，該申請可能會因權利要求的影響而不會被授予專利權。如果申請人經過仔細的分析認為國際檢索單位書面意見中指出的否定性的發現是有價值的，申請人可提出對權利要求的修改或意見陳述來完善權利要求，以使其具備新穎性和創造性。
專利合作條約提供了以下兩種可選的途徑：
(a)依據條約第19條提出對權利要求書的修改。所有依據條約第19條的修改及所附宣告都會同申請檔案一起進行公布。值得注意的是，條約第19條將不會改變國際檢索單位書面意見中對專利性的評述。
（提出條約第19條的修改並啟動國際初步審查是可行的，這樣做能夠使申請人提出的修改公布後在一些提供臨時保護的國家獲得臨時保護，，創造性和工業實用性）
(b)依據pct條約第34條，申請人還可以提出對權利要求，說明書和/或附圖的修改以及意見陳述，但是申請人需要按期提交初審要求書並繳納相關費用。
乙份有利的國際初步審查報告的好處很多。個案的經驗表明多數的國家局會對專利性是肯定的國際初步審查報告給予充分的認可。。
對審查能力較強的國家局或本國法與條約第33條所規定標準不同的國家局，在審查中會考慮國際初步審查報告中不具約束力的意見，但是仍然會對該申請進行全面的審查。而對不具備較強審查能力的國家局，其會更傾向於國際初步審查報告中的結果。同時，在較為依賴國際初步審查報告的國家中，國際初步審查報告的價值還體現在它能節省在該國家階段的審查週期和花費。
一些專利從業人員估計對於進入多個國家階段(不少於50個國家)的pct申請，乙份有利的國際初步審查報告在國家階段能夠節省兩到三周的時間。
另外，若該申請進入國家階段的國家局或者地區專利組織是制定國際初步審查報告的國際單位，那麼審查過程將會更加迅速並且能夠減免一定的費用。通過啟動國際初步審查程式，能為申請人提供其國際申請在國家階段是否能夠被授予專利權提供參考。
如果國家階段的國家局較為重視乙份有利的國際初步審查報告，那麼在國際初步審查階段進行相應的修改和答覆將會是乙個較為有效的途徑。相反那些將國際初步審查報告僅作參考的國家局，在國家階段進行相應的修改和答覆才更有利。值得注意的是，乙份pct申請即便國際初步審查報告中仍然指明一些權利要求缺乏新穎性或創造性，在第ii章程式中對國際檢索單位作出的書面意見中的實質性缺陷的任何克服，都會減少在國家階段的審查成本。
總之，對於那些打算進入多數締約國國家階段的申請，在國際初步審查階段對申請進行適當的修改是值得的。但如果進入國家的數量較少，啟動國際初步審查階段程式就略顯不必要了。
需要注意的是：如果國際檢索單位的書面意見中也指出了形式缺陷，是否提出初步審查要求也應當做進一步的考慮。
(4)在國際檢索單位書面意見中審查員指出一項或多項權利要求缺乏新穎性，創造性或工業實用性，但申請人並未及時獲得檢索報告和國際檢索單位書面意見。
根據pct細則規定，制定國際檢索報告期限應為自國際檢索單位收到檢索本起3個月，或者自優先權日起9個月，以後到期者為準。由於一些國際檢索單位的審查存在積壓，未能滿足上述期限要求。如果申請人未及時收到檢索報告和國際檢索單位書面意見，仍然可以利用第ii章的程式，在收到檢索報告之日起3個月內(或自優先權日起22個月，以後到期為準)提交要求書。
這種情況下，申請人啟動第ii章的程式（提出國際初步審查要求）是否值得?
此問題的答案在於申請人何時收到檢索報告和國際檢索單位書面意見。如果在作出需要進入國家階段的決定後才收到初審報告，申請人就不會享受到利用第ii章的程式來決定是否進入國家階段的好處；如果國家局已經啟動處理和審查程式，但是申請人還未收到初審報告，這時初審程式的價值會被進一步削弱。
總之，如果在國家階段程式開始之前由於書面意見未及時傳送影響到iprp第ii章的作出，這種情況下最好直接開始國家局的工作，而不進行iprp第ii章的程式。如果是這種方式，建議在進入國家階段後以及收到書面意見後盡快向國際局提交意見陳述和修改，這樣國家階段的審查員在審查開始時會得到申請人對於書面意見的答覆。
(5)申請人沒有收到國際檢索報告或者國際檢索單位書面意見，但收到根據條約17(2)(a)不做出國際檢索報告的宣告。
如果申請人從國際檢索單位收到乙份「宣布不制定國際檢索報告的宣告」(pct/isa/203**)，表明該申請或者涉及不要求檢索的主題((參見pct細則39，或者國際申請的說明書、權利要求或附圖不符合規定的要求，以至於不能進行有意義的檢索(參見pct條約17(2)(a)(ii))。在上述任一種情況下，國際檢索單位均會發出書面意見?但書面意見中不包含關於「三性」的任何評價。
此時提交初審請求並繳納費用的意義不大，因為根據pct細則66.1(e)，對於沒有做出過任何國際檢索報告的權利要求，不需進行國際初步審查。
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