平行志願的投檔原則是「分數(位次)優先、遵循志願」。具體為：一是執行分數(位次)優先的原則。
首先將所有考生分文、理科(高考分專業類別)按投檔分數從高分到低分進行位次排序。投檔時，先對最前位次的考生進行志願檢索，再依次檢索以後位次的考生。二是按照「遵循志願」的原則。
每次檢索是按考生填報高校志願先後順序依次進行的，當被檢索到的高校招生計畫未滿額時，該生即被投到該高校。考生檔案一旦投出，將不再檢索該生的排在後面的其他高校志願。如果考生因幾個平行志願均未滿足條件而未被投檔，或投檔後被高校退回，就只能參加徵集志願錄取。
需要特別提醒的是，平行志願只實行一次投檔，不再補充投檔。
考生位次確定辦法如下：文史類按照投檔分、語文、文科綜合、數學、外語的順序;理工類按照投檔分、數學、理科綜合、語文、外語的順序;春季高考按照投檔分、專業知識、專業技能、語文、數學、英語的順序，依次比對成績，成績高者位次在前。考生投檔分及各單科成績均相同時，比對隨機碼，隨機碼小的位次在前。
隨機碼在高考前由計算機生成。
平行志願也有先後
儘管冠以「平行」二字，但從平行志願的投檔規則看，平行志願填報的高校是有先後順序的，高校先後順序也是計算機檢索和投檔的順序。
這個先後順序是在考生填報志願時形成的，考生填在最前面位置的高校在先，依次往後排列。對考生個人來講，如果分數(位次)較高，所填報的平行志願中所有高校都可以投出去，那麼檔案只能投檔到這些高校中排在最前面的那一所計畫未滿額的高校。因此，考生在填報平行志願時，最好將最想就讀的高校填在前面的位置。
在平行志願投檔時，乙個考生只能投檔到一所高校。因為計算機一旦檢索到考生符合某乙個高校投檔條件後，即行投檔，不再檢索該考生後面的志願，所以不會被投到其後的高校，更不可能被投檔到多個高校。
平行志願投檔時按照 「考生分數(位次)優先、遵循志願」的原則，所謂「遵循志願」就是遵循高校志願順序，即在完成考生成績的位次排序後，依照考生填報的高校志願順序依次檢索投檔,考生一旦投檔，計算機不再檢索排序在後面的志願，即使考生成績都符合後面所有志願高校的投檔條件，也不會再次被投檔。所以，考生不能在填報的高校中隨意選擇高校投檔錄取。
平行志願錄取時對符合投檔條件的考生只進行一次投檔，不能在退檔後再補充投檔。這是因為，平行志願的錄取方式是同批次高校同時投檔、錄取，即使考生被退檔，也沒有被補充投檔的機會。被退檔的考生只能參加徵集志願錄取或下批次錄取。
平行志願也有風險
實行平行志願只是降低了考生填報志願的風險，但依然存在風險。考生填報志願仍然有被退檔或無法滿足志願的現象。主要有以下幾種情況：
一是檔案投不出去。原因可能是考生定位不準確，選擇的高校志願過高或各志願之間缺乏合理的梯度。實行平行志願後，高校錄取的最高分與最低分之間差距一般會減小，也就是錄取分數呈扁平化狀態。
如果考生沒有根據自己的成績來準確定位，在乙個志願中填報的全為層次相同的高校，若其高考成績較低，計算機檢索該考生志願時，其所填報的高校招生計畫均已滿額，該考生檔案就不能投出。
二是雖已投檔，但被高校退檔。原因可能有報考錄取分比較高的專業且不服從專業調劑;身體條件不符合高校專業錄取要求等。
實行平行志願後，考生檔案一旦投不出去或被高校退檔，後面會面臨參加徵集志願的高校數量不多，選擇範圍比較窄的情況，所以考生在填報平行志願時，一定要有風險意識。根據目前招生政策規定，考生一旦被所填報高校正式錄取後，就不允許退檔或換錄到其它高校。
專業不服從調劑要慎重
考生填報平行志願時注意四個問題。
一是盡量填滿所有高校志願和專業志願，爭取最大的錄取機會。考生如果少填乙個高校志願，可能就減少了一次被錄取的機會。但在選擇高校及專業志願時，一定要慎重，盡量做到自己選擇的高校和專業就是自己喜歡就讀或能夠接受的高校及專業。
二是合理搭配高校志願。盡量保證所填報的高校之間有一定的梯度，增大投檔成功的概率。
三是考生如果身體條件、性別、外語口試、單科成績等不符合高校招生專業的要求，一定不要填報。
四是考生選擇專業不服從調劑時，一定要慎重。實行平行志願後，高校投檔考生的成績可能呈扁平化傾向，會出現分數扎堆、專業擁擠的現象，高校分配專業及考生選擇專業都較為困難。如果考生選擇專業不服從調劑，就表明考生不願意調劑到未填報的專業，當考生填報的所有專業都不能滿足時，可能會被高校退檔。
從實際情況看，專業不服從調劑是退檔主要原因。
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